收到讨董联军形成的消息，董卓第一时间想把周毖、伍琼剁了的心都有。
冀州牧韩馥、豫州刺史孔伷、兖州刺史刘岱、渤海太守袁绍、陈留太守张邈、河内太守王匡、济北相鲍信正是周毖、伍琼劝董卓提拔并被董卓任命的。
面对这种事实，董卓自然会觉得，周毖、伍琼并不是在帮自己，而是在玩潜伏忽悠自己。问题是，他们说的建议，完全合情合理，更主要是相关的人事任命是在董卓认可执行的，汉文帝刘恒早有名言：“言者不狂,而择者不明,国之大患,故在于此”.。
总而言之，事情还是董卓考虑不周的结果。如果董卓因此就怀疑这两个人与自己合作的诚意，因此惩罚这两个人，以后谁还敢与董卓主动合作呢？因为，有人积极的、主动的与你合作，就因为所献的计策失败了，你就认为他们是忽悠你，更因此严惩他们。这显然也太没道理了。
我们也可以想象，当这种事发生后，周毖、伍琼肯定会主动找董卓认错，更会主动请求董卓惩罚自己。总而言之，都是我们考虑不周，都是我们的错，才让相国陷入被动之中。面对他们的认错，董卓自然不能怪怨他们，相反还得安慰他们。因为，相关的人事调动，都是在董卓的认可下执行的；所以董卓愿不愿意他也必须得承担主要责任，换而言之，一切都是我董卓考虑不周。
董卓的困境就在于，士大夫成员，普遍都对他采取消极反抗的态度。如果董卓敢大举提拔自己的嫡系，侵犯士大夫的政治、经济利益，自然引发士大夫成员更强烈的对抗；如果董卓想通过重用、提拔某些士大夫的方式分化士大夫群体，拉拢为他所用者，也未必取得成功，很可能还会适得其反。经过“关东联军”这样一番折腾，以后就算有士大夫表示愿意与董卓合作，董卓也会心中嘀咕：他们究竟是来忽悠自己的，还是来帮自己的，董卓实在无法确定。他们给自己送上来的究竟是蜜糖，还是蜜糖里包裹的毒药。
周毖、伍琼可以迟些找机会秋后算账，关东联军的讨伐该如何应对，成了董卓必须考虑的问题。
董卓想来想去，觉得迁都才是上策。听到在朝议上董卓要求迁都，太尉黄琬、司徒杨彪两位士大夫首脑领衔反对，杨彪、黄琬两人被董卓借故罢官。也极力劝阻董卓迁都的伍琼、周毖就没这么好运了。董卓决定斩了周毖、伍琼，杀鸡儆猴，同时也给自己出口恶气，“我刚入朝时，你二人劝我用有德之士，因此就听从了，而各位到任后，却举兵来打我。你二位出卖我，我有什么对不起你们的！”
董卓这样做，显然是因为他已决心快刀斩乱麻了，总之，现在的董卓真是手握两把钢刀，谁不服就砍谁。当然了，如果董卓真这样走下去，肯定是死路一条。问题是，董卓在死前，也会拉上大批陪葬的人。
杨彪、黄琬两位出身高门的官宦子弟，本着留着青山在不怕没柴烧的精神，都赶紧找董卓认错：我刚才都是鬼迷心窍，一心想着自己的小家，而全然不顾大家的安危；现在我终于想通了，没有大家哪有小家啊。所以我现在高举双手赞成迁都，当然了，如果你愿意惩罚我刚才自私自利的行为，我也甘愿受罚。
董卓一看，杨彪、黄琬两位士大夫首脑服软了，马上也表示道歉。总而言之，我刚才实在太冲动了，冲动真是魔鬼啊！我实在后悔杀了周毖、伍琼两个人！但是，事情已发生了，我只能表示深深的歉意了。以后，你们看到我生气时作的决定，一定要劝我冷静冷静。周毖、伍琼一直积极协助我工作，我却因为一时糊涂把他们杀了，真是一不该啊，二不该。我保证以后不会再犯类似的错误了。【注1】
董卓选择迁都，考虑的也不只是讨董联军的军事威胁一个因素。至少还有三个重要原因。
一、白波军进入河东郡。中平五年（188)）二月,黄巾余党郭太等在并州西河郡白波谷复起并和南匈奴联合作乱，董卓被任命为并州牧也有朝廷解决白波军的考虑，可第二年，汉灵帝驾崩，洛阳形势剧变，董卓这个并州牧迟迟没有到任，原本坐镇并州负责剿匪的并州刺史丁原也奉大将军何进之命征调入京，并州空虚，白波军不仅越打越大到十多万人，还转寇太原一路打到距离洛阳只有一条黄河的河东郡。董卓入京后也曾派女婿牛辅讨伐，结果不利。（白波贼众十余万，（董）卓遣中郎将牛辅击之，不能却。）
从位置上看，关东联军主要分布在洛阳的东北（河内郡）、东南（鲁阳）以及东方（酸枣），而白波军当时活动于洛阳西北的河东郡。白波军与诸侯联军对洛阳隐隐形成包围之势。在这种背景下，如果董卓不果断西撤，就需要把最多的军政资源，用于与关东联军作战上，到时并州的白波军，就有可能愈演愈烈。如果白波叛军越来越大，董卓就有可能面对两线作战的危险。如果董卓依然以洛阳为军政重心，白波军+关东联军，就足以让董卓焦头滥额的。
二、对洛阳高官的担忧。谁都知道，在洛阳城有太多反董力量，关东联军打到洛阳，要是有人里应外合在半夜打开城门，董卓就真的可能一败涂地了。
三、稳定关中。驻军长安附近的皇甫嵩、盖勋两支军队也可能竖起反董大旗。尤其是盖勋，盖勋在史书上就是个铁杆反董派；还有，败退回凉州的韩遂、马腾等凉州军阀实力犹存，也有威胁关中的实力，有重新杀入关中的可能。
关中对董卓是生死攸关的根本。关东丢了，董卓还有卷土重来的资本，关中没了，董卓就真的只能带着全家去死了。
综上，董卓决定迁都长安，收缩战线，把经营重心转回关中。
关中在中国地理格局中，处于西北角位置,号称“八百里秦川。”四周有函谷关、武关、散关和萧关四座关隘，山川环抱，可以作为险阻。关中是进可以统一天下，退可以关起门来割据一方的龙兴之地。往前数，秦汉就是以关中作为根本进而统一天下。
迁都长安，在董卓的暴力威慑下朝廷上下勉强达成共识，但要想顺利迁都长安，董卓还要先解决两个人——左将军皇甫嵩和京兆尹盖勋。皇甫嵩、盖勋两人驻军长安附近，两人麾下军队相加至少有四万人，如果他们也打出讨伐董卓的大旗，董卓当时就要进退失据了。
所以，董卓在迁都前发布诏书，调皇甫嵩、盖勋入京任职，这和汉灵帝调董卓入朝为九卿中的少府，如出一撤，都是调入朝廷，剥夺军权的手段，不过和董卓不同，皇甫嵩、盖勋两个明显和董卓不是同路人的人，居然都先后选择接受朝廷的诏书入朝为官。
当京兆尹盖勋接到他入朝为官的诏书，盖勋是不愿意的，盖勋游说皇甫嵩，希望皇甫嵩和他一道拒绝董卓下发的圣旨并效仿袁绍等人，联合起兵，讨伐董卓。
可面对盖勋的游说，皇甫嵩拒绝了，他选择接受朝廷的诏书，入朝为官。没了皇甫嵩支持，实力有限的盖勋也只能选择“接旨”，入朝为官。（时，左将军皇甫嵩精兵三万屯扶风，勋密相要结，将以讨卓。会嵩亦被征，勋以众弱不能独立，遂并还京师。）
【注1】：《后汉书·董卓传》：（董卓）欲徙都长安，会公卿议。太尉黄琬、司徒杨彪廷争不能得，而伍琼、周毖又固谏之。卓因大怒曰：“卓初入朝，二子劝用善士，故相从，而诸君到官，举兵相图。此二君卖卓，卓何用相负！”遂斩琼、毖。而彪、琬恐惧，诣卓谢曰：“小人恋旧，非欲沮国事也，请以不及为罪。”卓既杀琼、珌，旋亦悔之，故表彪、琬为光禄大夫。于是迁天子西都。