学习小组Day2笔记--刘洪

1.熟悉linux

linux与windows、MacOS一样，都属于操作系统，但linux更多应用于服务器市场。

• 为什么生信分析需要用到linx
  因为生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。当你需要跑几十、几百G数据的时候，用windows，电脑带不动。

2.登录服务器--xshell for windows

• 安装xshell---家庭或学校版免费https://www.netsarang.com/zh/free-for-home-school/
• 打开后直接创建会话，输入连接的名称、ip地址后 ，再输入用户名及密码即可连接服务器，进行代码输入运行操作。

3.常见的linux命令

• pwd-设置当前路径，类似于R中的setwd.

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ pwd
/home/bio12

• mkdir-make directory（创建你的空目录）

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir biosoft
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir project
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir tmp
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir src

• ls-显示出当前列表下所有文件及文档

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  src  tmp

• rm相关代码
  1）删除文件--rm
  2）删除空目录--rmdir
  3）删除非空目录--rm -r

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  home.txt  project  src  tmp
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ rm home.txt
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  src  tmp

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ rmdir src
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir src
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  src  tmp

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ rm -r src
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  tmp

• cd相关代码
  1）cd
  2）cd -
  3）直接cd或cd ~表示直接返回主目录

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ cd rm_test
bio12@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test$ touch doodle.txt

bio12@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/huahua$ touch haha.txt
bio12@VM-0-10-ubuntu:~/rm_test/huahua$ cd -
/home/bio12/rm_test

• vi---新建脚本或者文本文档---其属于linux中的文本编辑器

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ cd tmp
bio12@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ vi hello_world.txt  #再回车，按i键即可编辑文本，ESC键推出编辑模式
:x   #在左下角输入，意思是保存并退出

• cat---查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕

bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ ^C
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ vi home.txt
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ cat home.txt
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bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ head home.txt
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bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ tail home.txt
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• cp ---copy 复制文件

bio12@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ cp hello_world.txt new_file.txt
bio12@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ ls
hello_world.txt  new_file.txt

• mv ---文件移动或重命名文件
  mv file 路径是移动file到某路径下
  mv file1 file2是将file1重命名为file2

hello_world.txt  new_file.txt
bio12@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ mv new_file.txt home.txt
bio12@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ ls
hello_world.txt  home.txt

bio12@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ mv home.txt ~ #移到主目录
bio12@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ ls
hello_world.txt
bio12@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ cd #返回主目录
bio12@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  home.txt  project  src  tmp

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