antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物。结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得基于基因组的天然产物途径鉴定和描述更为方便。

antiSMASH数据库简介

antiSMASH数据库，目前更新到第五版，它实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询。一般情况下，参与次级代谢途径中生物合成酶基因在基因组上成簇排列，基于指定类型的HMM，antiSMASH数据库能准确鉴定所有已知的次级代谢簇。在antiSMATH中，将次级代谢簇分为24类。

http://antismash.secondarymetabolites.org/

官方主页

antiSMASH数据库使用（以禾谷镰刀菌为例）

（1）因为网站运行原因，预测真菌代谢簇的服务器转移到了细菌代谢簇的预测页面，所以我们使用预测细菌代谢簇的页面。
（2）访问NCBI主页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/58下载输入文件，genome和GFF文件

输入文件准备

（3）在Antismach主页中找NCBI acc #处，上传相关文件，点Submit提交即开始运行。

上传文件

（4）结果文件
36M真菌全基因组注释，运行时间不是太久，不到7分钟。

运行完毕

点击result

运行结果

上图为我分析的禾谷镰刀菌PH-1基因组的结果；

Select Gene Cluster为找到的基因簇的列表，共有44个，其中高亮的有次级代谢产物相关，灰度一般为基础代谢物，如糖、脂等；

Identified 下面为详细的列表；

点击上方簇编号可看到每个簇的详细结构和基因注释；
有基因结果图，每个基因注释，可以鼠标悬停显示，下面还有相近的真菌基因结构。

详细结果