(一文读懂scRNA-Seq)到底要花多久时间才能看懂一套单细胞测序数据结果?

先说我的态度。

最快的捷径就是没有捷径,踏踏实实搞学问

我一直相信慢工出细活(当然我写推文都不怎么想回头检查错别字),要学习什么东西,稳扎稳打才是最快的捷径,不求甚解要建立在还会回来看的基础上,囫囵吞枣只会烂在肚子里。
要学会看单细胞测序的数据分析结果到底要多久?先说一下我的情况。

linux:基本认识,只会基础操作+转录组上游分析,我们说的linux三驾马车,我一驾都不熟。
跑过一个人-非模式生物的转录组项目(质控-比对-计数-ID转换-差异分析-注释)。
R语言:基本认识
跑过果子老师的500行R基础代码(3天时间),Jimmy老师的R basic plot(7个小时),写过5-6个R语言小白入门推文(每个推文编辑时间6-7小时);
基本上我都是需要在现有代码的基础上才可以做一些事情,跑过一个GEO数据挖掘(数据下载--数据调整和清洗--ID转换--差异分析--注释),并绘制过一个简单的火山图和M-A图。
背景知识:大概了解测序原理,数据类型和数据解读。

到底需要多久才能学会看懂一个单细胞转录组的数据分析结果

我试了一下,对我而言,看+理解+PPT制作,花费了我超过12小时的时间,这跟我每周做实验汇报+文献PPT的时间是差不多的。可能是因为我已经更有了一定的基础,所以单细胞转录组的一个简单数据,只要稍加简单的了解一下其中的逻辑和背景知识,就可以理解。不过呢,我最近也是有大神加持,不懂的地方是可以享受专人指导,这点可是一个不小的buff。

对学习的认知--厚积薄发,不可打击

学习好像在前期的时候都是一片迷茫的状态,看见啥啥不懂,查了百度和谷歌还是看不懂,总之一篇文章放下来,没一句话是看得懂的。可是前期必然有一个积累,当积累到一定程度的时候,豁然开朗。在前期学习的时候千万不要打击初学者,需要给予足够的耐心+鼓励,并且等待,同时自己也不要灰心。问题嘛,是拿来解决的,遇到一个解决一个,慢慢的就会开始形成自己的知识图谱。

学习永远只能靠自己,不能靠别人

现在网络上充斥着大量的学习资源,包括各种大神级别的总结,专门针对小白的教程,可是大家学习起来仍然是这么困难。如果有足够的时间,自学也是没有任何问题的。但个人觉得,自行学习+专人指导是学习速度最快且效果最好的学习办法,毕竟有时候查到的资料是不怎么好的。另外还有一个问题就是,一部分网上的教程写得很一般,甚至可能是从别的地方摘抄过来的,其实写的时候作者自己也不懂是咋回事。

PPT一览图
PPT内容包括对整个文章故事的解答,阅读时所需的背景知识。


一个PPT

好了,再见。
对了,如果有想要PPT的PDF版本的,可以给我留言,我可以分享。

2020.03月更新,由于不少小伙伴问我要了PPT,但我自觉这个PPT没有做得很好,只是非常初步的学习,唯恐会误导大家,因此又在这个基础上,精读了一些单细胞的文章,以下是精读笔记
单细胞好文1--Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution

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