Xshell-10 checkM 进行基因组完整度与污染程度的评估 2022-06-06

• 具体流程：

• 基因组文件放在一个文件夹下，然后输出文件位置也先建立好！
• 介绍：CheckM 评估基因组质量的工具。它通过使用在系统发育谱系中普遍存在且单拷贝的基因组来提供对基因组完整性和污染的可靠估计。还可以使用描绘关键基因组特征（例如，GC、编码密度）的图来检查基因组质量的评估，这些特征突出显示典型基因组预期分布之外的序列。 CheckM 还提供了用于根据标记集兼容性、基因组特征的相似性以及参考基因组树内的接近度来识别可能作为合并候选者的基因组箱的工具。

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• 安装：

conda install -c bioconda checkm-genome 

• 激活，但是显示报错：

source activate

• 先去激活

source deactivate

• 进行激活！，再进行运行

conda activate checkm_python2.7

• 最终的结果：

checkm lineage_wf /home/rxd2018/chekM/B.ovatus_Genomes/B.ovatus_fna/ /home/rxd2018/chekM/B.ovatus_Genomes/B.ovatus_checkM_results/ -t 48 --pplacer_threads 8 --tab_table -f test1.tab

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• 生成bin文件！大概花半小时（490个基因组!)
  

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• 然后进行表格生成会很慢！ 最终结果会在storage那里生成（需要较长时间）
  

  image.png

就可以得到对应的table文件了！ 再进行Excel导入与打开，即可！