第六学习小组day3-gl

今天主要学习了如何在linux系统上安装软件，主要是用了miniconda（相当于linux的app store）。
下载和安装conda的整个流程都没有卡壳，感谢豆豆花花编写的非常详细的操作教程。

下载miniconda:

• cd biosoft
• wget 下载链接
  (百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文网站）=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来，查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接)

安装

• bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 一路Enter，看到能输入yes的地方输入yes
• 敲回车
• 等待安装结束后输入yes
• 激活：source ~/.bashrc
• conda(出现满屏的信息说明成功了）

使用

• conda list 查看当前所有软件列表
• conda search fastqc 【 搜索软件, 这里以数据质控软件fastqc为例】
• 安装软件 conda install fastqc -y (加上-y是自动安装)

如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

• conda remove fastqc -y 卸载软件

• conda info --envs 查看当前conda有哪些环境
• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

此步表明建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

• conda info --envs 再次查看
• source activate rna-seq 激活新环境
• fastqc
• conda remove -n rna-seq fastqc -y 卸载软件
• cd.. conda remove -n rna-seq --all 卸载环境