javplayer 使用教程_药物设计软件Sybyl教程（五）：绘制分子对接后对接表面

教程内容：

以SYBYL-X 2.0软件为例，进行分子对接(Surflex-Dock)后创建对接空腔的对接表面教程。

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视频教程

建议在wifi环境下观看~

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图文教程

1.打开对接结果

本期教程以上期教程中生成的对接结果为例进行对接区域的表面添加。 点击Application > Docking Suite > Analyze Result，出现Results Browser对话框； 点击Jobname后面的“... ”，选择对接结果DockingRun； 在View选项中选择1：6njs_H.mol2即上次教程中的蛋白，此时显示界面显示了受体蛋白和配体分子，点击Close。 在显示界面中选中配体分子，点击Edit > merge，在弹出的Molecule Area中选择分子6njs，将配体分子导入受体蛋白中； 2.定义活性区域口袋 点击Selection > ligand，选中配体分子，点击Selection >Expand>Within 5A，选择within 5A，即选择距离配体分子5埃以内的所有氨基酸残基； 点击Selection >Select Atom...，弹出Atom Expression对话框，将其中Other Substructures前面的勾去掉。 点击Create Set...，出现Set Identifier对话框，将选择的氨基酸残基定义为P1，点击OK(连点三次)； 点击View>Protein View>Define View...打开Protein View对话框，在surface一栏中的第一个下拉框选择Active Site，第二个下拉框选择Opaque； 弹出Atom Expression对话框； 在弹出的Atom Expression对话框中点击Set...，弹出Sets for Atom Selection对话框，选择我们之前设定的P1，点击Add； 3.更改蛋白显示方式 返回Atom Expression对话框，点击OK，返回Protein View对话框； 在Protein 选项中将氨基酸残基隐藏，显示方式Ribbon设定为By Secondary Structure按二级结构显示； 在Ligand选项中将配体分子管状显示，点击Done。 4.更改背景 在工具栏中点击Graphics Attributes，点击Backdrop Editor ，打开Backdrop Editor 对话框，

挑选想要的颜色，并且可以通过Type选择颜色的变化模式，如这里更改背景为白色，点击Apply之后关闭对话框。

以上就是利刃君为大家带来的使用Sybyl软件进行绘制分子对接后对接表面的教程啦~

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