【环境搭建】MacOS系统M1芯片从零开始安装torch torch-geometric(PyG) torch-sparse torch-scatter步骤详解、配置图神经网络(GNN)训练环境教程

前言:实际上只装PyTorch或者torch不会遇到什么问题,但是torch-geometric、torch-scatter、torch-sparse在M1 chip的Mac上非常难安装(PyG Documentation>Installation里注明了“Conda packages are currently not available for M1/M2/M3 macs”)。博主试错过程中遇到了很多无解的bug,还把conda搞炸了,最终不得不删了整个conda文件夹,环境清零,差点吐血。好不容易找到办法安装成功,遂写一篇笔记,便于博主自己以后重装,也希望可以让读者少走弯路、轻松安装成功。

涉及:图神经网络、机器学习、深度学习、人工智能领域,torch、torchvision、torchaudio、torch-geometric、torch-scatter、torch-sparse等package。

警告:博主不是计算机专业学生,可能有笔误,有错请见谅,欢迎指正。

原作者:FR1SKY,ID: weixin_42273602,发布于CSDN

系统:MacOS Monterey系统 版本12.3

芯片:Apple M1 Ultra

Python版本:3.10(本人认为也适用于3.9)

一、下载并安装Miniconda3

(推荐使用bash方法安装,但博主不确定pkg安装是否一定会失败)

点击进入https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

找到并下载Latest Miniconda Installer Links>macOS>Miniconda3 macOS Apple M1 64-bit bash

打开终端,输入bash空格,把刚才下载的Miniconda3-latest-MacOSX-arm64.sh文件拖到终端里,然后回车,开始安装

安装的时候会声明一些条款,一直按回车即可;最后会问一句“Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init?”,选择yes

二、下载Xcode并安装

(博主没有验证过这步是不是必要的)

打开App Store搜索Xcode,获取并安装

三、使用conda创建新环境

(强烈建议首次尝试安装新package或者开启新project的时候新建环境,小心不要装到base去)

红字可以改成你想称呼这个环境的任何名字,博主python版本是3.10所以叫它py310,可以在终端里输入python --version查看版本)

绿字改成你系统的版本,查看方式是点击屏幕左上角苹果>关于本机>版本)

橙字改成你安装的torch的版本,下文有查看torch版本的步骤,显示多少就改成多少)

(问“Proceed...?”时输入y回车)

打开终端(此时终端显示(base),没有(base)就是没装conda),输入并执行:

  1. python --version(显示Python 3.10.9)

  1. conda create --name py310gnn python==3.10

  1. conda activate py310gnn(终端显示进入(py310gnn))

  1. conda install -y clang_osx-arm64 clangxx_osx-arm64 gfortran_osx-arm64

  1. MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=12.3 CC=clang CXX=clang++ python -m pip --no-cache-dir install torch torchvision torchaudio

  1. python -c "import torch; print(torch.__version__)"(确认torch版本,显示1.13.1

  1. MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=12.3 CC=clang CXX=clang++ python -m pip --no-cache-dir install torch-scatter -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.13.1+${cpu}.html

  1. MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=12.3 CC=clang CXX=clang++ python -m pip --no-cache-dir install torch-sparse -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.13.1+${cpu}.html

  1. MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=12.3 CC=clang CXX=clang++ python -m pip --no-cache-dir install torch-geometric

  1. conda deactivate(可选,退出当前环境)

(此时应该已经全部安装成功,如果还是报错,尤其是“ERROR: Failed building wheel for torch-scatter”、“clang-14: error: the clang compiler does not support '-march=core2'”,“ERROR: CONDA_BUILD_SYSROOT or SDKROOT has to be set for cross-compiling activate_clang:69: read-only file system: /meson_cross_file.txt”,“ModuleNotFoundError: No module named '_sysconfigdata_x86_64_apple_darwin13_4_0'”,“Encountered error while trying to install package. ╰─> torch-sparse”,建议重装conda)

四、安装相关package

(建议查看Package官网Documents安装说明)

(博主安装jupyter notebook的时候短暂出现过CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-arm64/pandoc-2.19.2-hce30654_1.tar.bz2>,但是过了一会儿自己好了,不知道为什么)

打开终端,输入并执行:

  1. conda activate py310gnn

  1. conda install -c conda-forge jupyter

  1. conda install networkx

  1. conda install matplotlib

大功告成!

原作者:FR1SKY,ID: weixin_42273602,发布于CSDN

参考:https://github.com/rusty1s/pytorch_scatter/issues/241

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