科研图谱/可视化工具集锦 Science mapping/network tools（Updating)

简单汇总一下目前接触到的一些画network/图谱可视化blabla的工具以及example figures

具体包括：

• 1. RAWGraphs
• 2. MapEquation
• 3. CiteSpace
• 4. Sci2
• 5. HistCite
• 6. VOSviewer
• 7. Gephi
• 8. Cytoscape
• 9. ORA LITE
• 10. D3
• 11. Discourse network analysis (DNA)
• 12. Muxviz
• 13. Visual diagram
• 14. Paperholes

• 15 Netminer

• 16. Bibliometrix/biblioshiny (新增 推荐!）

1. RAWGraphs

简介： 这个网站提供了很多不同种图形的画法，非常适合可视化以及一些演示的过程，只需要注册一个账号就可以使用大部分的图形功能 非常棒的online practice

上手程度：易

Website: https://rawgraphs.io/

Example:

Screenshot

2. MapEquation/Informap

简介：提供了类似Informap的map方法, 用了很多flow-based的方法。可以做基本的network，bipartite，multilayer，states，和tree。也可以做alluvial diagram，就可以去看出现了哪些structural changes. 这个可以不需要下载app

上手程度：中

Website: https://www.mapequation.org/apps.html

Example:

网页首页图.png

网络数据图.png

3. CiteSpace

简介：这个之前也介绍过啦，是做biblio的一个很好的工具，尤其对科学引文，可以做很多citation network，cluster network，burst detection, 还有主题时间变化等等。总的来说如果input是英文的biblio data就非常方便也合适。也可以做alluvial diagram之类的。依旧是我现在最喜欢用的工具之一。

上手程度：中

Website：http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace/

Example：

image.png

4. Sci2

简介：这个其实跟citespace功能类似，也都是在java环境下运行，也可以与R结合在一起使用，也可以做time slice。和3. 是可以互用的 看你哪个上手，一般的东西都可以解决掉。

上手程度：中

Website：https://sci2.cns.iu.edu/user/index.php

Example：

Source:https://slideplayer.com/slide/6810272/

5. HistCite

简介：这个我也没有用过，但功能和3.以及4.也是类似的. 但貌似只是比较支持WoS格式。这些biblio data的录入都大同小异，用plain text导入，但要注意各个格式对应的一些subject。

上手程度：中

有一个知乎专栏讲 了介绍：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20902898. 并且还提供了一个pro的下载链接

Example:

来自上面那个知乎的figure

6. VOSviewer

简介：这又是另一个可视化的工具，不过功能比较简单，可以实现基本的共引 关键词共现 以及一些简单的聚类。画出的图与Sci2有点类似。

上手程度：易

Website: https://www.vosviewer.com/

Example:

image.png

7. Gephi

简介：也是基于java的一个可视化软件。可以做SNA，link analysis, 也可以通过加一些拓扑属性进去来做一些property的分析。但个人不是很适合我，数据import方式还是比较fixed，layout其实也不是我心水的样子，但还是很便捷的。有个很方便的是可以有plugins，比如可以做一下geolayout，还有其他七七八八的东西。不过结果还是很fancy的。

上手程度：中

Website：https://gephi.org/

Example:

https://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-1-4939-7131-2_299

8. Cytoscape

简介：主要是用于生物信息方面的，某一次在找画complex network的时候看到了一个示意图，然后就被吸引了，但也并没有怎么用过。也是一个要装java环境的，基本操作以及数据录入和其他软件其实也差不多。

上手程度：由于没试过就不予评价啦

Website：https://cytoscape.org/download.html

Example：

image.png

9. ORA

简介：这个在我之前的文章里也介绍过，功能很丰富，虽然免费版只能处理2000个节点，对于比较小型的还是够用的，功能也很齐全。一些小地方不开心的是time slice以及layout的设置不是很灵活，不过还是很方便的，尤其是可以更仔细地归类agent，knowledge，event等等。Manual非常厚而且很全 感兴趣的朋友 尤其像我这样的小白 顺着大纲读对顺一些知识点很有帮助。

Website: http://www.casos.cs.cmu.edu/projects/ora/

上手程度：中等偏上

Example：

image.png

10. D3

感觉java还是挺重要的，列一些JavaScript的软件，有时间的话打算学习一下。

Website： https://d3js.org/

上手程度：难

Example：

image.png

11. DNA

介绍：这个是在看一个政策话语分析的时候看到。可以做一下issue，actor，或者actor-issue的网络（congruence，conflict，coalition等等）。manual中提的对象就是 annotated statements，用到java和R，还需要懂一些mysql。（开发这个的prof就是network science+political science的背景）实际上我还没用过，因为目前在做的东西还不需要，但总体觉得这个软件就是完成了 质性分析+网络分析，挺适合社科，而且配色和图都是我的菜嘤嘤 （有一种academic的感觉），不过上手还是有一定难度的。

上手程度：中上

Example：

image.png

image.png

附上github地址：https://github.com/leifeld/dna/

12. Muxviz

介绍：这个主要是画multi-level以及可视化的软件。based on R and GNU Octave

Website: http://muxviz.net/

Example:

image.png

13. Visual diagram

介绍：非常好用的可视化的软件，免费版本也可以用到很多功能（如果对导出图片清晰度没有什么太大的要求话，不过后期都可以ps掉也没关系），不过这个似乎更偏企业场景一点（比如很多都是偏project management的design以及mapping and 搭建enterprise infrastructure)，且很多功能对接excel的处理及可视化形式。个人用的比较多的是它的charts（比如heatmap），还是很好用的，这part就会跟第一个软件有点相像。

Website：https://www.visual-paradigm.com/ 以及 https://online.visual-paradigm.com/charts/

Examples：

Cause and effect diagram

Charts

14. Paperpoles

介绍：在翻陈超美老师的文章时发现前两年有发过一个叫paperholes的专门抓citation links的tool. 原文是 “PaperPoles combines text analytics, a rank‐augmented cluster view and flex interaction among multiple coordinated views to assist in an exploratory search of scientific articles.” 使用的数据库是 Microsoft Cognitive Services Academic Knowledge API （免费有一定期限）不过过程个人感觉稍微有点多，而且如果是要进行一个范围很大的search的话耗时会比较多，因此作者也说适用于自己已经有想了解的task topics的citation analysis。最大的特色是 context-aware

基本操作步骤：

image.png

Websites: http://www.jiangenhe.com/paperpoles/

Examples:

image.png

15. NetMiner

介绍：可以有14天免费试用 但是要购买的。结合了文本分析和SNA，也可以做知识图谱

Website：http://www.netminer.com/product/overview.do

image.png

Reference

image.png

16. Bibliometrix

最近在用bibliometrix 感觉非常好用 而且简单易上手 特别适合做bibliometrics的东西。

它需要下载R， 下载途径：Bibliometrix R Package，然后在Rstudio的console窗里输入 install.packages("bibliometrix")

但 如果只是基础的用法用它完全不需要R的知识，你只需要install完直接输入 library(bibliometrix) 和 biblioshiny() 它就会弹出一个tiny app窗口, 有着一溜的功能给你选择：

image.png

个人觉得它merge wos 和 scopus bib data的效果大概也许可能比citespace好一点，因为是可以给你操作的

更多的可以去读它的manual或者master website:

massimoaria/bibliometrix: An R-tool for comprehensive science mapping analysis. A package for quantitative research in scientometrics and bibliometrics. (github.com)