生信分析 让肿瘤细胞疯狂的缺氧lncRNA

2019年诺贝尔生理学或医学奖颁给了低氧诱导因子（HIF）发现者。HIF对肿瘤生长、放化疗、靶向治疗、免疫治疗抵抗、预后等息息相关。在研究者对缺氧相关因子研究分析的差不多之后，又展开了对缺氧相关lncRNA的研究。

今天就跟大家唠唠肿瘤缺氧lncRNA如何分析。

有效评估肾透明细胞癌预后的lncRNA模型

发表杂志：frontiers in Oncology

IF：4.85

中科院分区：大类：医学 2区  小类：肿瘤学 3区

文章图文分享

1、筛选差异表达lncRNA（肾透明细胞癌 vs 正常组织），计算他们与缺氧基因相关性筛选显著相关的lncRNA作为缺氧-lncRNA.

2、筛选预后相关lncRNA构建肾透明细胞癌预后风险模型（cox、lasso分析）

3、风险模型对肾透明细胞癌的OS生存预测（训练集和验证集）

4、K-M生存分析（训练集和验证集）

5、生存状态、风险得分分布、风险lncRNA表达热图（训练和验证集）

6、cox回归分析评估风险得分的独立预后效能

7、联合多指标构建列线图预测疾病发展

8、高低风险分组的GSEA富集分析

9、高低风险分组的肿瘤免疫微环境差异分析

优点：文章思路清晰，完整。涉及了三大国自然热点：lncRNA、缺氧，其它涉及了肿瘤微环境，结果都是阳性（AUC基本都大于了0.7，生存分析也都是极其显著的）。可能是肾透明细胞癌lncRNA数据集有限的原因文章只分析了TCGA数据集，作者讨巧的将整个数据集分成了多个训练集、验证集来做分析。这一点值得学习。

不足之处：涉及的指标是少了一些，肾透明细胞癌典型的临床指标并没有涉及，eg:VHL突变。

以上仅为小编个人观点，作者看到请轻锤，当然文章还有很多可以做的分析，小编就不一一细说了，感兴趣扫码联系我们！

一年一度的国自然基金申请已经开始，一个好和热的思路对中标的助益会很大，之前生信人还推出过其它热点相关的lncRNA分析，感兴趣的小伙伴见副推（很多已经预订出去），都可以依着自己研究的方向设计，毕竟等有文章发表先机已经被抢占。

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