毕达哥拉斯是古希腊在米利都学派之后，苏格拉底哲学之前，最重要的哲学家。毕达哥拉斯和其追随者所形成的毕达哥拉斯主义直接影响了柏拉图主义。他的学说在之后的复兴中，形成了现在称为新毕达哥拉斯主义的哲学学派。他不但对古代哲学有着深远的影响，也影响了近代哲学。
可以说毕达哥拉斯就是自有人类文明以来，在思想方面最重要的人物之一。
毕达哥拉斯（前570年－前495年）出生于希腊的萨摩岛，与米利都一样，萨摩岛也是个繁华的商业城市，它是米利都在商业上有力的竞争者。据说毕达哥拉斯是富商人的儿子，也有传说是某个神的儿子，这都无法考证，但可以证明的是，在很多方面，他都是像神一样存在的人物。
毕达拉斯对后世的科学思想和数学的发展有着直接的影响，数学在证明式的演绎推论上是从他开始的。
毕达哥拉斯认为万物都是数，数学可以解释世界上的一切事物。一切真理都可以用比例、平方及直角三角形去反映和证实。毕达哥拉斯主义对于数学的研究，直接导致了无理数的发现。我们至今所说的数的平方米与立方的这些名词，都是从他里来的。毕达哥拉斯或其弟子最伟大的发现，莫过于对直角三角形的命题；即直角两夹边的和等于另一边的平方，即弦的平方。
几何学对于科学和哲学的发展有着深远的影响，希腊人所建立的几何学被认为是从自明的公理出发，根据演绎的推理前进，从而达到那些远不是自明的定理。
公理和定理被认为对于实际空间是真确的，而实际空间又是经验中所有的东西，如此去推论和演绎，就好像能发现世界上所有的事物。
由于数学知识可以应用于现实的世界，看起来即可靠又真实，而且它是不需要观察，只靠纯粹的思维就可获得，人们就以为它可以提供日常经验中所不能提供的知识，这就为神学提供了理性基础。数学让思想的对象比实际感知更为真实，这种真实的对象就可以被想象成为上帝的思想，这种观点影响了柏拉图直至近代的绝大多数哲学家，也支撑起了神学的信仰。让信仰有了一个可以超越感官的认知而获知世界的根源。
因此，与启示的宗教相对立的理性主义的宗教，是从毕达哥拉斯开始，被柏拉图所发展，再被后世的思想者所推论和演绎的，是被数学和以数学方式所支配的。数学，也正是在毕达哥拉斯之后融入在希腊哲学之中，希腊哲学从此开始产生了数学的传统。
毕达哥拉斯在音乐方面也有着很高的研究。他曾用数学来研究乐律，由此所产生的“和谐”的概念，也对以后古希腊的哲学家们有着重大的影响。
据说著名的黄金分割也是源自毕达哥拉斯：有一天毕达哥拉斯走在街上，在经过铁匠铺时，听到了悦耳的打铁的声音，于是停下来细听。他发现铁匠打铁的节奏很有规律，这个声音的比例被毕达哥拉斯用数学的方式表达出来。认为长和宽具有一定比例的时候，矩形才是最美的。
由于毕达哥拉斯的哲学思想受到俄耳甫斯教的影响，因此具有一些神秘主义的因素。俄耳甫斯教属于古希腊时代的秘密宗教，它虽然是源于希腊神话，却又与传统的希腊多神信仰神之谱系并不相同。他们最独特的一点，就是拥有轮回转世的宗教观。
毕达哥拉斯继承了俄耳甫斯教的传统和净化心灵的做法，相信生命是轮回的，但也是可以跳出轮回。毕达哥拉斯表明生活的最高净化是纯粹的沉思。那些考虑有关科学和数学的哲学家正是得以从“出生周期”释放出来的人。依照毕达哥拉斯的说法，纯粹的数学家的生活，就是存在的最高尚的生活。
据说毕达哥拉斯曾师从阿那克西曼德，因此接受了他关于万物之源是“无限”的教义，对于物质世界，认为只有通过“限制”这一概念，才可以通向“无限”的世界。毕达哥拉斯对于数学和科学的追求，就是基于摆脱死循环的精神欲望。
由于相信转世会造成灵魂投生到其他动物的尸体的原因，毕达哥拉斯成了最早期的素食主义者，他建立了一个宗教，其教义是灵魂的轮回和吃豆子的罪恶。
古希腊文里的“灵魂”一词含义是“风”。他们认为，人死后灵魂会像风一样散发到空气中。而豆类植物能吸收灵魂储存在自己的果实里面。你吃了豆子之后的肠胃胀气可不是一般的气，是从豆里跑出的灵魂在哭泣！灵魂渴望自由，于是催你赶紧打嗝放屁，这样灵魂就可以出去了……
按照毕达哥拉斯的教导，灵魂是不朽的，它可以转变成任何别的生物，凡是存在的事物，都要在某种循环里再生，没有什么东西是绝对新的，一切生来具有生命的东西都应该被认为是亲属，都是有关连的，平等的，也是必须有轮回的。人的生活必须要有好的行为准则，需要有一定的系统训练，从而达到至善的标准。而通向完美世界的道路，就是对科学的掌握，及懂得音乐之美。因此毕达哥拉斯教派定立了一些教规：
1．禁食豆子。
2．东西落下了，不要用手拣起来。
3．不要去碰白公鸡。
4．不要擘开面包。
5．不要迈过门闩。
6．不要用铁拨火。
7．不要吃整个的面包。
8．不要招花环。
9．不要坐在斗上。
10．不要吃心。
11．不要在大路上行走。
12．房里不许有燕子。
13．锅从火上拿下来的时候，不要把锅的印迹留在灰上，而要把它抹掉。
14．不要在光亮的旁边照镜子。
15．当你脱下睡衣的时候，要把它卷起，把身上的印迹摩平。
所有的这些教规，都是属于原始的禁忌观念。
康福德《从宗教到哲学》说，“毕达哥拉斯主义是俄尔弗斯教内部的一种改良运动，而俄而弗斯教又是狄尔尼索斯崇拜中的改了良运动。”毕达哥拉斯的数学和理性思想，带着神秘主义的色彩，他认为自己就具有一种半神明的性质。他说，“既有人，又有神，还有像毕达哥拉斯这样的生物。”
在毕达哥拉斯所建立的组织中，他允许女子也可以参加，这在当时的希腊是属于唯一的，据说他的妻子就是他社团中的学生。在这个组织里，大家有统一的生活方式，财产是共有的，提倡节欲、纯洁和服从（是否似曾相识？）。他们有着共同的哲学信仰和政治理想，他们吃着简单的食物，进行着严格的训练。
毕达哥拉斯的出生地萨摩是个繁荣的商业城市，它的统治者是一位艺术的建设和保护者，然而毕达哥拉斯并不喜欢它的暴政，就离开了那里，他去了很多地方，包括埃及，据说他大部分的智慧都是从埃及学来的，后来他移居到西西里岛，当时的意大利南部都是希腊的殖民地，也都跟萨摩一样，都是繁荣富庶的商业城市。而且还远离波斯人的威胁。他后来来到克罗顿，并在那里他广收门徒，建立了一个宗教、政治、学术合一的团体。这是一个组织纪律很严密，带有浓厚的宗教色彩的社团。他要求每个学员都要在学术上达到一定的水平，加入组织还要经历一系列神秘的仪式以求达到“心灵的净化”。
这个团体在某一时期在该地很有影响力，也因此引起了敌对派别的嫉恨。那里的民众反对他，他的社团遭到了破坏，于是他搬到了同样是意大利南部的梅达彭提翁，最终死在那里。不久，他就成为了神话式的人物，他被赋予了种种的奇迹和神力。
毕达哥拉斯是世界历史上最有趣的 ，又深深的影响了后世的哲学家。在他死后不久，他的许多门徒都逃回了希腊，他们在弗利奥斯重新建立了据点，另一些人则到了塔兰托，继续进行数学和哲学的研究，以及在政治方面的活动，并一直延续到公元前4世纪中叶，自此，毕达哥拉斯学派持续繁荣了有两个世纪之久。