【原创】R语言实战：AnnoProbe安装和使用笔记 2020-11-21

想要给一个转录组测序结果添加注释信息，尤其是“转录本类型”信息，这样便于我之后分析时重点关注“protein coding”的转录本。于是就搜索发现了建明老师开发的这个神奇的包AnnoProbe。看了一下笔记很好安装的样子，结果遭遇了很多问题。
首先安装devtools
install.packages('devtools')
library(devtools)
然后
install_github('jmzeng1314/AnnoProbe')
然后就是各种报错：

后来我发现大部分时候的报错其实是网络问题导致的，就是该下载的东西没下载全。我的经验是不要放弃，一直试或者找个网络好的地方。我就是之前一直用手机热点下载不了，正好回原来的实验室有事用所里的网很快就搞定了。但还是出现了其他的问题，实在看不懂怎么回事，我还发微信问了建明老师。尽管之前机缘巧合加了一年的微信，一直没好意思向他提问，没想到他很快回复了（感动），于是就有了这篇笔记。

这个时候我一直在关注最后一段话，后来发现缺少 “xml2” 包才是关键。安装用install.packages(“xml2”)就可以搞定。成功！

接下来终于可以用它啦～下面是它的使用说明：

使用示例：
library(AnnoProbe)
mycounts<-read.csv("1121.csv")
这个文件X这一列是Ensembl ID，我用的是人类细胞的测序结果
IDs <- mycounts$X
ID_type = "ENSEMBL"
annoGene(IDs, ID_type,out_file ='convert.csv')
输出结果为：

结果我们可以看到是按照基因在染色体上的位置排序的。这里想给建明老师提一个小小的建议：结果可不可以选择按输入的顺序输出，并且把没有找到注释信息的转录本那行空出来。
最后非常非常感谢建明老师和广大的生信工作者开发出这么多好用的工具供我们使用，大大提高了我们的工作效率。