《山海经》的作者，历来说法众多，迷雾重重。
①禹益版
西汉末年刘向子刘歆在《上山海经表》中首次对《山海经》之成因及作者作了说明：
《山海经》者，出于唐、虞之际。昔洪水洋溢，漫衍中国……禹乘四载，随山刊木，定高山大川。益与伯繄主驱禽兽，命山川，类草木，别水土。四岳佐之，以周四方，逮人迹之所希至，及舟舆之所罕到。内别五方之山，外分八方之海，纪其珍宝奇物，异方之所生，水土、草木、禽兽、昆虫，麟凤之所止，祯祥之所隐，及四海之外，绝域之国，殊类之人。禹别九州，任土作贡，而益等类物善恶，著《山海经》。
他的观点，《山海经》成于尧、舜之时，作者是益等，据文中“益与伯繄主驱禽兽”云云，这个“等”含伯繄在内。他们是什么人呢？
按《史记》卷五《秦本纪》云大费与禹平水土，佐舜调训鸟兽，是为柏翳。《孟子·滕文公上》云“舜使益掌火，益烈山泽而焚之，禽兽逃匿”。《尚书·舜典》云帝舜使益主草木鸟兽。《国语·郑语》云“伯翳能议百物以佐舜者也”，韦注：“百物，草木鸟兽”。《汉书·地理志》云“伯益知禽兽”。则益、伯益、柏翳、伯繄者，乃掌管山泽禽兽之舜臣。
郭璞《注山海经叙》未明言撰者为何人，但云“此书跨世七代，历载三千”，又云“夏后之迹靡刊于将来，八荒之事有闻于后裔”。按由夏至晋恰正七代，盖亦以是书出于禹之世也。由于治水工作禹总其成，故许多人又把著作权归于夏禹。
《博物志》卷六云：“太古书今见存，有《神农经》、《山海经》，或云禹所作。”《水经注》卷一〇《浊漳水》云：“禹著《山经》。”
《山海经》成书没那么早，所以此版只是传说。
②巫祝方士版
有人认为，《山海经》出自巫祝方士之手，神话传说和地理博物传说大都被巫术化和方术化了。
《汉书·艺文志》列《山海经》为数术略形法家之首。所谓数术即巫卜方术、阴阳五行之总称，而形法者，即《汉志》云“大举九州之势以立城郭室舍，形人及六畜骨法之度数，器物之形容，以求其声气贵贱吉凶”，就是说《山海经》是部讲鬼神天命、吉凶妖祥的数术书。
《汉志》依据刘歆《七略》而作。刘歆在《上山海经表》中说《山海经》“可以考祯祥变怪之物，见远国异人之谣俗”，把它看作察验吉凶的著作，所以要归入形法一类。
后来《宋史·艺文志》列入五行类，也接近刘歆的看法。鲁迅则非常明确地说：“《山海经》……记海内外山川神祇异物及祭祀所宜……所载祠神之物多用糈（精米），与巫术合，盖古之巫书也。”这一看法十分精辟。
《山海经》作为一种战国巫祝文化，也有着地域文化特征。蒙文通根据《山海经》对古帝王世系及方位、地理的记载，认为《山海经》不属于中原文化系统，属于南方文化系统，产生于巴蜀荆楚地区，袁珂则认为战国楚国巫风最盛，因此是楚国或楚地作品。虽有不同，但其属南方文化是一致的，而战国南方文化恰正有突出的巫文化特征。
需要注意，《山海经》确有巫书性质，但也有地理博物书性质，而且是以地理博物书形式出现的，书名体例都反映出这一点。
《山海经》之“经”，乃经界、界域、经治之意。章学诚《文史通义·解经中》曰：“孟子曰：‘行仁政必自经界始。’地界言经，取经纪之意也。是以地理书多以经名，《汉志》有《山海经》，《隋志》乃有《水经》。后代州郡地理多称图经，义皆本于经界。”故而从《隋志》始，《山海经》一直被列在史部地理类。因而可以说此书是巫书和地理博物书的混合。
③战国版
《山海经》究竟出于何时何人呢？简单地说，它是战国书，今天所见之本更是在长时间中积累而成。
梁玉绳《史记志疑》云：“似非一时一手所为也。”不是“似”，确乎是如此。战国中期至后期间先后有巫祝方士之流采撷流传的神话传说、地理博物传说，撰集成几种《山海经》的原本。因其性质相近，秦汉人合为一书，定名为《山海经》，最晚在汉武帝时已完成了这一工作。
《山海经》包括《五藏山经》五篇、《海外经》四篇、《海内经》四篇、《大荒经》四篇，另又有《海内经》一篇，凡五部分。均产生在战国。其中《山经》的风格相对平实一些，含神话较少，以记山为主干，旁及草木禽兽矿产，可确定原是一部独立的书。产生时代大约在战国中期，即公元前四世纪间。
《山经》之外的部分，后人合称《海经》。它们不一定本属一书，时间上较一致。时代较《山经》略晚，大约在战国中期至后期之间。
《海经》不同《山经》之专记山川道里物产，主要记远国异民及神话传说，巫术意味淡而方术气味浓，有很明显的神仙不死及服食内容。
《海外南经》有“寿不死”的“不死民”。《海外西经》有“不寿者八百岁”的“轩辕之国”，“乘之寿二千岁”的白民国乘黄；又云巫咸国群巫上下于登葆山，郭璞注群巫为“神医”，上下山乃“采药往来”。《离骚》：“巫咸将夕降兮，怀椒糈而要之。”王逸注巫咸为神巫，有了求神雏形。