1 基因芯片到底是什么

因为之前总是看到基因芯片，但一直不知道这是个什么东西。就花了半个下午时间仔细研究了一下，做了一点笔记。
特别不严谨的解释：基因芯片就是把许多不同的探针按照一定的顺序固定在固相载体上，然后把样本（经过荧光标记）倒上去杂交。杂交过后把未杂交的样本洗掉，这样就可以通过荧光的强度来半定量地得知每种探针对应的基因的表达情况了。

芯片的类型

• cDNA芯片（cDNA微阵列）
• Oligo芯片（寡聚核苷酸微阵列）
• 原位合成芯片

cDNA芯片（cDNA微阵列）

• 探针是cDNA
• 不同的cDNA长短什么的都不一样，杂交条件都不一致，所以杂交的时候误差巨大，克隆cDNA又非常麻烦，所以现在已经基本淘汰了

Oligo芯片（寡聚核苷酸微阵列）

• 探针是人工设计的寡核苷酸
• 探针很贵，做得少不划算，但做得多了芯片又是有保质期的（寡聚核苷酸会降解）。甚至如果实验流程比较长的话前后结果都会不一致
• （感觉就像你去工厂订货，人家开模费用很高，虽然产品是做得越多越划算，但有时候你自己用不了这么多，碰巧这种产品保质期还很短，这个时候就非常尴尬了）

原位合成芯片

• 探针是人工设计的寡核苷酸，但Oligo芯片是人工合成好探针，然后喷到基质上去的，原位合成芯片是直接在基质上合成探针的
• 均一性好，成本低

单通道和双通道

• 单通道就是一套探针对一个样本，结果就是基因的表达水平
• 双通道就是一套探针对两个样本（标记方法不同，竞争杂交），结果是两个样本中同一基因的表达水平的差别（上调/下调）
• （我觉得不严谨地说，单通道和双通道大概可以看做绝对量和相对量的差别吧）

芯片品牌

• Illumina
• Agilent
• Affymetrix

参考

1. https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/9162351
2. http://muchong.com/t-9014981-1-authorid-2003142
3. Bednár M. DNA microarray technology and application. Med Sci Monit. 2000 Jul-Aug;6(4):796-800. PMID: 11208413.
4. https://www.biomart.cn/experiment/430/590/597/47439.htm