空间转录组-如何手动选择区域

通常的空间转录组分析是基于降维聚类划分cluster,再进行cluster细胞注释。或者使用反卷积工具与单细胞转录组联合分析得到spot中细胞比例分布。
但是,如果我们想要根据HE染色片子来划出感兴趣的区域,该如何去操作呢?

1、从10x官网下载并安装Loupe Browser

2、打开Loupe Browser,导入loupe文件,loupe文件为cellranger分析结果,一般名为cloupe.cloupe

3、按如下操作方法选择目标区域并导出表格

  • 选择区域,起个名字


    image.png
  • 导出选择区域的barcode和刚刚给定的标签


    image.png
  • 此时会出现一个弹窗,选哪个都可以


    image.png
  • 保存文件到你的本地电脑上


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完成!
接下来就可以加到Seurat对象中啦~想怎么捣鼓怎么捣鼓啦~~
开不开心!

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