要解决问题2022.04.05

1、多样本读取与创建对象

参考:
Seurat包之导入单细胞数据方式汇总
SingleCellExperiment数据结构
Seurat包合并多个单细胞样本*
2022-01-17 多个样本单细胞分析流程*
单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正
单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正
单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据
哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（六）
单细胞数据的导入与质控 - Seurat
聚类分析&maker define cluster - Seurat
单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正
H5文件读取-生信小白开始接活——文本处理（三）
实验记录5：.h5文件解析为.tsv和.mtx格式

2、不同实验数据整合

OSCA单细胞数据分析笔记-13、Multi-sample comparison
单细胞分析十八般武艺2：LIGER
单细胞多样本多平台合并分析
单细胞多样本多平台合并分析（二）
Seurat | 不同单细胞转录组的整合方法-SeuratData是不是旧版本的？以后再看看
单细胞测序两组差异分析—seurat包-安装
seurat单细胞转录组整合分析教程-01
seurat单细胞转录组整合分析教程-02
代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解
一文学会 | Seurat2整合不同技术的单细胞测序数据并去除批次效应
Seurat 4.0 | 单细胞转录组数据整合(scRNA-seq integration)
10X单细胞转录组多物种联合分析：以人和小鼠为例
seurat-ScaleData()源码解析
Seurat3||整合方法merge()与IntegrateData()
多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony

Harmony单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据
“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅
单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程*
代码：2021-05-26 单细胞分析之harmony与Seurat*
单细胞测序分析: Seurat V3联合harmony进行单细胞数据整合分析*
用Harmony整合单细胞数据并用LISI评估整合效果
单细胞数据用Harmony算法进行批次矫正-没用
单细胞分析十八般武艺1：harmony
使用注意事项：10X单细胞（10X空间转录组）整合分析批次处理之细节（harmony）
去批次整体策略-【单细胞】单细胞数据的批次效应
去批次软件以及核心代码-单细胞笔记7-去除批次效应*

10X单细胞（空间转录组）数据整合分析批次矫正之liger
单细胞数据整合鉴定肿瘤细胞-liger

iMAP: 单细胞数据整合工具天花板

3、取子集

Seurat取子集时会用到的函数和方法

3、去批次

2022-01-17 CCA校正批次效应
单细胞笔记7-去除批次效应
【单细胞测序】关于批次效应 batch effect
看评论：Harmony单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据
选择原理-单细胞测序数据整合中的批次效应
【单细胞测序】关于批次效应 batch effect

4、 velocity分析

使用scVelo进行RNA velocity分析-01
RNA速率：细胞内部的指南针
单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具
velocyto||sc-RNA速率：一种细胞轨迹推断方法
单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity

5、拟时（pseudotime）/ 细胞轨迹（cell trajectory）分析推算细胞发育和分化

Monocle2 | 单细胞测序的拟时序分析（细胞轨迹分析）
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操*
Monocle3：拟时序分析
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操

6、详细流程

2022-01-12 Seurat官网单个样本标准流程
代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解
Seurat单细胞分析常见代码-01
Seurat单细胞分析常见代码-02
seurat-NormalizeData()源码解析
seurat-ScaleData()源码解析
seurat-FindAllMarkers()源码解析
seurat-SCTransform()解析-01
seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析
sctransform预处理后，如何进行差异表达分析
单细胞数据的降维
标准化单细胞RNA测序数据—陷阱和建议
Seurat v3.2 - 官网教程学习分析10X笔记
单细胞转录组学习笔记-8-聚类算法之PCA与tSNE
单细胞文献阅读005--如何开始单细胞测序数据分析
单细胞教程04-09
单细胞测序分析之Seurat（3.0）包学习笔记
单细胞数据处理小细节汇总
10X单细胞目前大多数公司基本和高级分析汇总*
单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现*
4.单细胞 RNA-seq：质控分析
02.认识Seurat对象
哈佛大学单细胞课程：笔记汇总前篇
Seurat3 学习笔记
harmony-复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）
harmony-复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human
单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现
单细胞转录组流程二：超详细！ Seurat打通单细胞常规流程

7、数据库

最新常用单细胞数据库整理汇总

8、富集分析-通路

单细胞PBMC多模态参考数据集
GSVA分析
单样本的GSEA(ssGSEA)
单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）

9、Gene level analysis 调控网络分析 GRNs

Genie3
SCENIC

10、其他高级分析

11、思路

2022-01-21 课题设计和思路分享

12、注释

质控之后要进行双细胞去除 DoubletFinder

Clustering 聚类
Annotation 手动注释 SingleR

使用SingleR包进行单细胞类型注释分析
CNS图表复现---人人都能学会的单细胞聚类分群注释
SingleR单细胞类型自动注释与celldex参考数据包
【单细胞】SingleR注释细胞类型
单细胞辅助注释工具-SingleR
单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类
单细胞实战2: Seurat+SingleR--从矩阵到细胞类型注释

SingleR阶段性学习笔记
SingleR如何使用自定义的参考集
单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释
SciBet:一个软件解决单细胞注释所有烦恼
单细胞分析之细胞注释-1：Azimuth
单细胞分析之细胞注释-2：Garnett
单细胞注释-marker参考
细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（六）：细胞类型注释*
单细胞测序文章图表复现02—Seurat标准流程之聚类分群*
SciBet:一个软件解决单细胞注释所有烦恼
mtSC：整合多参考数据集进行单细胞亚群注释

13、细胞再聚类

14、细胞通讯

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析之InterCellDB（推断通讯中感兴趣的生物学功能）
10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析联合大全
CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析
保姆级教程续集《单细胞测序数据分析——细胞通讯》
CellChat细胞通讯分析（中）--实操代码（单个样本）
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat
CellChat使用简介
【细胞通讯】CellChat
单细胞108篇文献解读之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat
单细胞分析之细胞通讯：cellchat
单细胞转录组之使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析
CellChat细胞通讯分析（中）--实操代码（单个样本）

构建CellChat对象

cellchat-与其他单细胞分析工具的接口
CellChat || Seurat、scanpy单细胞数据构建CellChat对象

15、TCGA生存分析

16、CNV

10X单细胞个性化分析之CNV篇
InferCNV分析+结果可视化

17、Seurat数据结构 meta数据处理与导入

Seurat数据结构学习.1
完整的单细胞分析流程——理解你的单细胞分析之数据结构
认识单细胞分析中的各种数据结构
完整的单细胞分析流程——理解你的单细胞分析之数据结构
分组信息-10X单细胞转录组下游流程-1-整合多个cellranger结果