我的RNA-Seq（1）hisat和bowtie比对结果解读

转录组数据比对，选用了hisat2，比对之后发现结果不太懂，于是整理了这篇笔记与大家分享，欢迎交流。

此处是一个转录组数据hisat2比对结果，bowtie结果也是这个格式。

17968900 reads; of these:    #reads数目
  17968900 (100.00%) were paired; of these:   #能配对的reads，由于用的是trimmomatic后的paired clean data，故100%
    4434269 (24.68%) aligned concordantly 0 times    #不能比对到基因组上
    10748474 (59.82%) aligned concordantly exactly 1 time   #比对到基因组上，且唯一匹配，即unique map
    2786157 (15.51%) aligned concordantly >1 times  #比对到基因组上，但结果>1次，即不唯一匹配
    ----
    4434269 pairs aligned concordantly 0 times; of these:  #上述不能比对上的reads中
      269467 (6.08%) aligned discordantly 1 time #这些虽然比对上了，但是不合理，例如方向、R1 R2之间的距离等
    ----
    4164802 pairs aligned 0 times concordantly or discordantly; of these:   #剩余的不匹配reads中
      8329604 mates make up the pairs; of these:
        5311882 (63.77%) aligned 0 times
        2073153 (24.89%) aligned exactly 1 time   #作为单端来比对，这些可以唯一比对
        944569 (11.34%) aligned >1 times   #这些不唯一比对
85.22% overall alignment rate  #结果是唯一比对+不唯一比对+不能比对中可以单端比对的

要看到，所谓唯一比对，可以直接从这个报告中计算。

referrence:
https://www.cnblogs.com/leezx/p/8540862.html
https://blog.csdn.net/weixin_30935137/article/details/86530092