构建生物信息学环境-2 （anconda/minniconda）

关于 anconda 的介绍和安装我直接贴一个孟浩巍大神的知乎帖子就好了，写的很详细，我也是按照那个方法一步步试下去的。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429
平时在操作的时候会发现有些分析软件的版本没有更新到 python 3 版本，这个时候我们就需要创建一个新的环境来安装软件，有时候整个操作全部都需要在 python 2.7 的环境下运行。

 conda create -n python27 python=2.7  #创建一个python2.7的环境
 conda activate python27  #进入创建的python27环境，进入环境后就利用相同的方式安装软件就可以了
 conda deactivate #退出python环境

还有就是对于创建一个新的工作窗口的问题，这样就可以直接离线操作，会挂在后台自动分析（对于有服务器的人来说是这样子的）

screen -S w1 新建一个w1工作窗口
screen -ls 查看当前所有的运行窗口
screen -d  w1 将w1窗口离线
screen -r  w1 接入窗口w1
ctrl+A+D 退出当前窗口，回到主界面
screen -X -S w1 删除w1这个窗口

然后再贴一个关于在vim写shell脚本，然后bash运行

vim test.sh  #新建一个shell脚本文件
然后在vim中写循环和shell脚本，wq保存（或者shiftzz）
返回窗口后bash test.sh就可运行该脚本

可以用nohup  .................& 在后台运行
top可查看后台运行
htop可查看精细运行

1、要求熟练使用vim文本编辑器的输入方式保存方式等
2、for循环，while循环会写
3、正则表达式
3、shell脚本会编写

还有一些其他的常用的 Linux 操作命令（简单的 ls ,cd 那些就不贴出来了）

ps #查看当前终端的任务，kill+编号可以直接删除任务
top #
w #查看登录的人

ls -s -h   #查看文件大小
head -n 10 #查看前十行
tail -n 

wc -l  #查看有多少行

conda config --add channels  #添加源

gzip #压缩
gzip -d #解压缩

pwd #查看当前路径

sudo #权限

之后就可以开始“愉快”的生信之旅的，像开始做项目的可以参考我的关于Rnaseq那篇文章，也是我入门跑完整的第一个流程。
完整转录组RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）