文献阅读-结直肠癌的尿样代谢图谱

Distinct Urinary Metabolic Profile of Human Colorectal Cancer
Journal of proteome IF= 3.95

摘要：

寻找代谢诊断标志物对结直肠癌（CRC）的诊断和治疗意义重大。作者收集了不同CRC分期样本（健康103例，CRC101例），并用GC-MS进行分析。最终发现很多代谢通路都发生了改变，如TCA cycle, urea cycle, pyrimidine metabolism, tryptophan metabolism, polyamine metabolism, as well as gut microbial−host co-metabolism in CRC subjects。作者的发现证实了肠道微生物-寄主的共代谢会导致CRC病人自身代谢物的改变。同时，作者鉴定了代谢marker如，citrate, hippurate, pcresol, 2-aminobutyrate, myristate, putrescine, and kynurenate，并用ROC曲线表示AUC值分别为0.993和0.998。

那么都用到了什么技术路线呢，一起来学习下吧

一 临床信息

作者收集了如下比较翔实的临床信息，其中包含了年龄，分期，分化等。一个详细的临床信息对代谢组学来说意义重大

二 样本质量

作者用GC-MS和UPLC-MS测CRC的尿样，一共得到了261个代谢物。绘制了PCA和PLS-DA图，图中显示实验组和对照组分的很开。这表明样本质量很好

三 差异代谢物

通过UPLC-MS和GC-MS得到的35个差异代谢物，表中的几个指标分别是：
VIP： OPLS-DA得到的重要性值
Pb: T检验得到的P值
Pc：秩和检验得到的P值
（为啥要把两种统计检验并排呢）
FC：倍数变化
metabolite: 代谢物名称
metabolic pathway：代谢物所在通路

四 锁定7个变化较大的差异代谢物

作者比较了35个差异代谢物，综合考虑了AUC，FC，VIP，选出了7个代谢物。并用逻辑回归将其构建模型，得到AUC值如下图。

citrate, kynurenate, 2-aminobutyrate, and hippurate这四种代谢物在癌和癌旁之间的相对含量

五 比较六个变化较大代谢物在不同分期之间的差异表达

六 受到影响较大的通路

通过这个通路，作者成功的将他们的研究和肠道菌群扯到一起，摇身一变成热点。
不过结直肠癌和肠道菌群本来也关系密切嘛。

就这些，感觉实验时间一星期，分析数据一星期，3分文章就出来了……