生物信息常用R包安装（转）

来源 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html生信菜鸟团

rm(list = ls())

rm(list=ls())把当前环境中的对象全部删除，也可以选择只删除某一个对象， rm(objectname)R studio右上角的“environment”会显示空白，一个对象也没有了。

options()$repos   ## 查看使用install.packages安装时的默认镜像

options()$BioC_mirror  ##查看使用bioconductor的默认镜像

#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")   

options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")##指定镜像，这个是中国科技大学镜像

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

options()$repos

options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)

BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)

BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)

BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

# 下面代码被我注释了，意思是这些代码不需要运行，因为它过时了，很多旧教程就忽略

# 在代码前面加上 # 这个符号，代码代码被注释，意思是不会被运行

# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

# library('BiocInstaller')

# options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

# BiocInstaller::biocLite("GEOquery")

# BiocInstaller::biocLite(c("limma"))

# BiocInstaller::biocLite(c("impute"))

# 但是接下来的代码又需要运行啦

options()$repos

install.packages('WGCNA')

install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))

install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))

library("FactoMineR")

library("factoextra")

library(GSEABase)

library(GSVA)

library(clusterProfiler)

library(ggplot2)

library(ggpubr)

library(hgu133plus2.db)

library(limma)

library(org.Hs.eg.db)

library(pheatmap)

直接在RStudio 里面直接运行，就回安装常见R包