2020-05-08

生信学习笔记（1）

R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。总而言之，R是数据整理和可视化的利器。

关于R的安装及环境配置，详情参考B站链接（果子学生信）：环境配置教程

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习惯

1_养成以project新建工作路径的习惯：RStudio→file→New Project→New Directory→New Project→Directory name→Create project

2界面熟悉

3新建脚本和保存脚本，每次处理完毕将脚本、数据、图片均存储在当前工作路径下。

响应

对于使用R时最常见的几类命令响应及处理，尝试去解读输出结果，最关键的是处理报错error，其他的几类可忽视。

R包安装

R包常见的安装方式有以下几种，详情见：R安装的几种方式

1、R内置包，运行 install.package("R包名字")，对普通的R包，一般下载不了都是包的名字打错了，或者是R的版本不够，如果下载了安装不了，一般是依赖包没弄好，或者你的电脑缺少一些库文件，如果实在是找不到或者下载慢，一般就用repos=来切换一些镜像。

2、bioconductor上的包，作为医学最常用的R包，每次学习一个R包，你的生信都会上升一个台阶。通常使用BiocManager::install(“R包名称”)，前提是你安装了BiocManager

3、是直接找到包的下载地址，需要进入包的主页。

4、先把包下载到本地，然后安装，这种形式大部分安装都无法成功，因为R包之间的依赖性很强。

TIPS

1、在运行R的时候常见会出现多种网络问题无法安装的R包（尤其BiocManager的包），最常使用的办法先尝试调换镜像，可以在tools→global options→packages→primary CRAN repository选择，常使用清华或者同济的镜像。

或者运行如下两行代码，详情见：BiocManager无法安装R包

options(download.file.method = 'libcurl')

options(url.method='libcurl')

2、出现乱码的解决方案:UTF-8