小马过河686
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下载NCBI GEO 数据的方法

第一步：用conda 安装 SRA-tools

conda install sra-tools

第二步 建立文件夹 存储数据

第三步 数据下载

方法一： fast-dump 下载

nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR******* &

nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR******* &

nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR******* &

写成一个.sh shell脚本 然后 bash一下即可以了。

方法二：prefetch下载 （也是sratools的一个软件）

先要在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 下载下来一个SRR_Acc_List.txt

然后 用 nohup prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt & 放后台下载

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