今天给大家介绍一个植物启动子分析浏览数据库：PlantPAN3.0，该数据库不仅可以对植物启动子中关键顺式和反式调控元件进行预测，而且还可重建转录因子 -靶点之间网络调控关系，是植物研究不可或缺的数据库资源。
PlantPAN简介
在PlantPAN 3.0中，收录了78种植物中的17230个TFs，并从 662 个公开的 ChIP－seq 数据中捕获了转录因子结合位点的基因组位置信息。从 99 个调节因子（转录因子、组蛋白和其它DNA结合蛋白）中鉴定了 1,233,999 个调节链接，其靶基因覆盖七个物种。此外，还添加了从ChIP-seq峰中提取的2449个矩阵，用于预测顺式调控元素。除了完整的ChIP-seq数据外，还进行以下四点改进：
1、1107个文献中实验验证的转录因子模块；
2、两个物种间基因调节网络的的对比；
3、转录因子及转录因子-DNA复合物的三维结构；
4、扩大到四个物种的转录因子的条件特异共表达网络及它们的靶基因。
PlantPAN 3.0不仅可以有效地用于研究植物启动子中关键的顺式和反式调控元件，而且可以在特定条件下重建转录因子和靶标之间的高可信度关系。
启动子分析
1.PlantPAN3.0 的首页，包含六个模块，分别是基因搜索、转录因子/转录因子结合位点搜索、基因集分析、启动子分析、跨物种和 ChIP-seq 搜索。
2.点击Promoter analysis，进入的页面为单个基因启动子序列的分析页面，还可选择多个基因的启动子序列分析以及在PCBase中分析。
1. 输入单个基因的启动子序列。
2. 有两个选择：（1）选择在PlantPAN中使用所有物种的启动子序列或者是自己勾选部分物种启动子序列；（2）填写自己感兴趣的motif序列。
3. 选择启动子其他元件，最后点击search即可。
多个基因的启动子序列分析
1. 选择输入或上传要分析的FASTA文件。对于输入文件的大小以及上传文件的大小都有限制，分别为20kb和600kb。等待分析结果的时间与文件大小有关，文件越大，时间越长，最长等待时间为1小时。
2. 选项同单个基因启动子分析
3. 输入邮箱，分析完成后会结果直接发送到邮箱里
启动子序列分析结果页面
1. 文件会用显示的符号及高亮标注Tandem Repeat 和 CPGisland（显示如下），可点击Download 下载分析结果
2. 分析结果详细如下：分为匹配搜索结果，CPG岛，串联重复，以及可视化选项。在匹配搜索结果中，可点击显示的转录因子矩阵文件ID，就会在上面文本中显示出来，ID 后有标注 CPG岛则说明这个位点与它重合了，点击ID，会出现更详细的信息。
4. Pattern Search Result 的内容会比较长，继续下拉会看到以下内容。点击最下方可视化下面的图片，进行可视化展示
点击图片后如下，勾选感兴趣的选项，下拉到底部，点击提交。
会进入如下界面：会用不同符号显示勾选的转录因子位点，点击Download可下载图片。
目前只有在输入文本可下载可视化图片，对于多个基因的启动子序列分析的上传文件无法在网站上可视化，可以得到结果文件后在GSDS网站或使用TBtool进行可视化。
PlantPAN3.0网址: http://PlantPAN.itps.ncku.edu.tw/
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