编译安装openbabel的python接口

花了2个多小时终于编译安装好了openbabel的python接口。

整理要点如下：

1. 要安装openbabel的python接口必须先安装Eigen

git clone https://gitlab.com/libeigen/eigen.git

2. openbabel的版本需要用最新的2.4.1，低版本如果用GCC 5以上进行编译会有bug。openbabel的2.4.1的链接是：https://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.4.1/
   如果用GCC 4可能可以编译通过openbabel的低版本，但是我没有测试过。

3. 编译安装openbabel

cd openbabel-2.4.1
mkdir build
cd build
cmake .. -DPYTHON_BINDINGS=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/share/apps/openbabel/2.4.1 -DEIGEN3_INCLUDE_DIR=/home/share/codes/eigen
make -j4
make install

PYTHON_BINDINGS用来开启python接口的编译
CMAKE_INSTALL_PREFIX用来指定openbabel将要安装的路径
EIGEN3_INCLUDE_DIR用来指定在上一步安装的eigen的路径

4. 安装完之后需要设置python环境变量才能在python中正常使用

export PYTHONPATH=${babel_installation_path}/lib/python2.7/site-packages:${PYTHONPATH}

其中babel_installation_path是openbabel的安装路径。
可选择将上述语句加入到~/.bashrc文件。

5. 在python中输入import openbabel可测试是否安装成功