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生信学习——转录组测序分析的大致流程

如果想要从最原始的测序结果开始分析，如何分析？
转录组测序的分析流程大致可以分成三类，包括基因组比对（ Genome mapping ）、转录组比对（Transcriptome mapping）、转录组组装（Reference-free assembly）有大牛写的很好：聊聊转录组测序——2.数据分析与解读（上）
原始数据一般下载得到的是Fastq文件格式：
每一条序列（read）包含四行，第一行是read的ID，第二行是序列，第四行是序列中每个碱基的测序质量
但是由于有的reads测序质量较低，可能需要去除，以及测序时的接头也需要去除，清洗后得到cleaned data，一般使用fastqc进行质量控制。

最后是与参考物种进行比对（分为基因组比对和转录组比对）基因组比对得到的是基因组测序结果，转录组测序得到的是转录组测序结果，得到的比对结果后和注释文件以及reads 三者，通过HTseq得到reads计数，即counts矩阵，得到的counts矩阵，可直接用DESeq进行差异表达分析，因为DESeq自带标准化counts矩阵的计算方法，也可以用RPKM，FPKM等方式进行标准化用于其他分析。继续回到之前差异分析的结果，可以继续做富集分析（GO/KEGG）RNA-seq相关链接：
传送门一
传送门二

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