生信分析--主要学习常用的Linux文件及文件夹管理命令：
ls、cd、pwd、mkdir、touch、mv、rm、cp、tar、ln
Linux里最遥远的距离是：你在空格的前面，我在空格的后面
首先简单了解Linux文件结构
文件结构：在Linux中，一切皆文件
1.结构分析
/（根目录），相当于windows里我的电脑家目录
~：用户..：两个横点表示为上一层目录目录：文件夹
2.命令格式
命令 +参数 + 文件
command [-options [parameter]] [FILE]
注意：命令，参数，文件三者之间一定要加空格，一个或是两个空格都可以。
在Linux里面更多是处理文件，而R语言更多是处理变量。
（初学者请注意：以下代码框的一个#或是多个#号代表注释说明，不要把开头带有#的内容复制到Linux里运行）
#接触命令时，可以查看帮助文档，如查看ls命令
ls --help
3.常用的文件夹与文件管理命令
ls ## List 列出
pwd ## Print Working Directory 打印工作目录
cd ## Change Directory 切换目录
mkdir ## Make Directory建立一个新的目录
touch ## 创建文件
mv ## MoVe 移动和重命名
rm ## ReMove 删除
cp ## Copy and Paste 拷贝粘贴
ln ##Link链接文件（创建快捷方式）
tar ## Tape archive 压缩或者解压文件
4.常见命令结合参数用法示例
以下主要介绍10个常用的文件夹与文件管理命令：
ls、cd、pwd、mkdir、touch、mv、rm、cp、tar、ln
（1）ls： List information about the FILEs
- ls 常见参数
-a ## 列出全部的文件，连同隐藏文件也一起列出来
-h ## 将目录容量转换为以易读的方式(例如 GB, KB 等等)
-l ## 列出目录的详细信息
-S ## 以文件大小排序
-t ## 以时间排序
-R ## 递归目录列出文件
-d ## 显示目录本身，而非目录下文件
- ls常见用法： [参数] [路径/目录/文件名]
ls ## 列出当前目录的文件
ls ./ ## 同上，‘.’号代表当前目录，
ls ./*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls ../ ## 列出上层目录的文件
ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息(不方便读取)
ll ## 等同ls -la ，自定义的别名
ls -lh ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小(可读信息)
ls -lh / ## 列出根目录下文件的详细信息
注意/的位置，如果放在后面可以省略（如cd Data 和 cd Data/， 输出的结果一样），但是在前面表示根目录、在中间表示层级结构，不可省略。
ls ./*txt
ls *txt
#两者显示的结果一样
ls -lh
ls -lha##a参数显示的都是以.开头隐藏文件
##ls -lha与ll的功能一样
ls -lhS#大S参数就是排序
ls -lht##按时间进行排序
隐藏文件的作用：与系统设置的文件有关，一般很少去操作和修改，把那些关键文件隐藏起来，避免被随意修改。
补充知识1：文件权限
所属人所属组其他人
-rwx------：有10个字符，第一个不用管，后面9个，每三个为一个单位，比如第一个的单位rwx，r：可读，w：可写，x：可执行。
权限用数字来表示：
可读可写可执行：4+2+1=7，如果结果为2，表示可修改，一般很少见。
常见的权限（属性）有：7,6,5,2
ll -h /（2）cd：Change the shell working directory（切换工作目录）
cd常见参数：没有
常见用法: cd [路径/目录]
cd .. ## 切换到上层目录，相对路径
cd / ## 切换到根目录
cd /teach/ ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd - ## 返回上一次的工作目录
cd ~ ## 回到用户家目录
cd ## 同上，回到用户家目录
无论cd到哪里，最后都要回到自己的家目录，在自己的家目录操作完成，在其它目录是没有修改权限。
ls
cd ../
ls
cd /
ls
cd ##就回到自己的家目录
补充知识2：绝对路径和相对路径
绝对路径：从根目录开始引起的全路径 相对路径：就是相对于当前工作目录的路径
/trainee2/vip29 ## / 在这里表示的是层级分割符
（3）pwd：Print Working Directory （打印工作目录）
这个命令用得少，打路径的时候留意命令行最后提示的路径
ls -lh / ##查看根目录
补充知识3：经验与技巧
小郭老师建议：多动手去敲键盘和代码，形成一个肌肉记忆
文件夹管理或路径有关的符号：
. 当前目录##另一个含义，隐藏文件或是文件夹
..上一级目录
~ 家目录:每个用户的家目录都不同
/ 只有当 / 在路径的最前面时才是根目录， 其他位置的 / 都是目录层级分隔符
- 常用快捷键:
Tab: 补全，多按几下
Ctrl+C: 终止任务 ##如果打了一连串代码，出错，可以按Ctrl+C停止，就回到重新开始输入
Ctrl+L: 清屏
Ctrl+E: 回到行尾
Ctrl+A: 回到行首
Ctrl+Z: 暂停任务
（4）mkdir： Create the DIRECTORY(ies)
常见参数： -p/--parents，递归创建目录
常见用法： mkdir [-p] 目录名
用mkdir命令创建目录和递归文件，操作步骤和结果如下：
### 创建目录（文件夹）：dir0
#先用ls查看“家目录”都有什么文件，省得重名
ls
#想在test1里操作，查看test1里有什么文件
ls test1/
#切换到test1目录里
cd test1/
#创建dir0目录
mkdir dir0
#查看创建是否成功，如果成功，就会出现：dir0
### 创建递归文件夹，dir1/dir2，即dir2在dir1里面
mkdir dir1/dir2
##创建失败，因为没有加-p参数
mkdir -p dir1/dir2
#用tree一步到位查看层级结构，之所以在test1操作，因为我操作的家目录有很多层级文件，会刷屏
tree
可以用mkdir命令同时创建多个文件夹或是批量创建文件夹
##创建多个文件夹，文件夹之间没有 / 不属于递归文件夹，所以不加-p参数
mkdir dir0 dir2 dir3，
ls
##批量创建文件夹
mkdir happy{1..5}
ls
（5）touch： 新建文件
常见参数：没有
常见用法： touch file
注意：一般只创建纯文本文件
ls
touch file.txt new.txt
ls
touch file{1..5}###可以一步到位创建5个文件
ls
（6）mv：Rename SOURCE to DEST, or move SOURCE(s) to DIRECTORY（移动或者重命名）
- 常见用法: rm [-option] file ：mv 待移动的文件 移动到哪个目录
#########移动文件夹和文件
####分别创建文本和文件
##只创建纯文本，用touch命令
touch file
##查看创建文件的大小和时间
ls -lh
##创建递归文件夹一定要加-p参数
mkdir -p test1/test2
mkdir dir0
##注意如果文件很多，建议在一个文件夹（目录）下运行，防止运行命令tree时，因层级文件夹多导致刷屏。
tree
####移动“文件”的操作
#把file移动到test1/test2/目录下
mv file test1/test2/
tree
#把file文本移到dir0文件夹里
mv test1/test2/file dir0
ls
tree
##批量移动文件
## file*是把所有的file都移到test2/tes3/目录下，一定要tab键补全，就不会漏掉：/
mv file* test2/tes3/
####移动“文件夹”的操作
##把文件夹dir0移动到test1文件夹里
mv dir0 test1
ls
cd test1/
ls
#用tree命令就不用切换到test1/里查看
########重命名
##切换到dir0文件夹里操作
cd dir0/
ls
##重命名，把file命名为file1
mv file file1
ls
######小细节：
##切换到上一级目录用cd .. ，cd和..之间要有空格
##在哪个文件夹（目录）下操作,加/和不加/，如cd test1/ ，cd test1 一样注意：touch{1..5}，在Linux里创建多个文件，从开始到结尾用连续两横点 ..， 在R语言里用冒号：
（7）rm：Remove
- 常见参数，
-f ## force不显示警告讯息
-i ## 在删除会先询问用户 ，交互式对话
-r ## 递归删除文件夹
- 常见用法：rm [-option] file
rm -i file.txt
ls file*
rm file*#删除所有匹配file的文件
rm -r test1 #删除文件夹
rm -r Document/##rm -f Document##就不行
rm -rf / ##管理员的权限(程序员的梗，删库跑路）
rm -ri test1##交互式删除，有i参数，删除时会问，输入y就可以
##程序员的梗，删库跑路:
rm –rf /
#是强制性删除根目录的所有文件，把服务器格式化了，不是管理员是没有权限，如果删除可能恢复不了
rm -rf ~
#强制删除家目录的所有文件，作死的操作
注意：使用rm命令删除后，不能恢复，但是有恢复的方法，不过不一定能全恢复，也不是每次都能幸运恢复。
如果你是管理员，不要轻易尝试命令：rm –rf /，无论发生什么事情，一定要冷静。
（8）cp：Copy and Paste
- 常见参数: -r, copy directories recursively
-r：递归复制，删除时也要加上-r
- 常见用法：cp[OPTION] SOURCE DIRECTORY
cp readme.txt Data/
mkdir dir0
cp -r dir0 Data/
cp readme.txt test1/readme##把readme.txt拷贝到文件夹test1里并且重命名为readme
##在linux输入一个文件夹：先ls，输入文件夹的名字用tab键补全/
###练习题：
cp ~/.bashrc ~/Data/bashrc_bk ##把隐藏文件.bashrc拷贝到家目录的Data/目录下，并且重命名为bashrc_bk ，其实就是备份
###记住：文件名前面有.表示隐藏，如.bashrc，.conda
（9）ln：Link链接，分软链接(常用)和硬链接(默认)。
拷贝文件或是文件夹，会占空间，用软链接，相当于复制快捷方式，不占空间。常用软连接，自己搜索用硬链接
软件链接一定要用绝对路径（从根目录出发）。
常见参数:不加参数即为硬链接，加上 –s 参数即为软链接， 软链接的作用类似快捷方式，一般链接具体文件而不是文件夹。
常见用法：ln –s TARGET DIRECTORY
软链接文件不是文件夹的原因是，如果软链接文价夹是没有资格去操作别人的文件
./Data##表示当前目录下的Data。注意./(当前目录)，/(根目录)
ln -s Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./##初学者，先不要把./省略
ls -lh##如果软件链接过来的文件是蓝色，如果是红色，说明路径出问题
（10）tar：Tape archive（压缩或者解压文件）
- 常见参数：
-c ## 创建一个新的tar归档文件(创建压缩文件)
-x ## 从已有tar归档文件中提取文件(解压缩)
-f ## 输出结果到文件或设备
-v ## 在处理文件时显示文件(显示处理进度)
-j ## 将输出重定向给bzip2命令
-z ## 将输出重定向给gzip命令
- 常见用法：
解压：tar [参数] [待解压包] 压缩：tar [参数] <压缩后文件名> [待压缩文件/目录]
## 解压
tar -zxvf Data.tar.gz
## 压缩
tar -zcvf Data.tar.gz Data ...
解压参数及例子：
tar -zxvf Data.tar.gz
-x ## 从已有tar归档文件中提取文件(解压缩)
-f ## 输出结果到文件或设备
-v ## 在处理文件时显示文件(显示处理进度) ##该参数可以不用
-z ## 将输出重定向给gzip命令##注意看是什么后缀类型的文件，用z还是j
压缩参数及例子：
tar -zcvf Data.tar.gz Data ...
-c ## 创建一个新的tar归档文件(创建压缩文件)
-f ## 输出结果到文件或设备
-v ## 在处理文件时显示文件(显示处理进度)
-z ## 将输出重定向给gzip命令
其他压缩和解压命令:
zip 和 unzip :用于压缩和解压 *zip 文件
压缩:zip readme.txt.zip readme.txt ##把readme.txt压缩，且命名为readme.txt.zip
解压:unzip readme.txt.zip
gzip 和 gunzip :用于压缩和解压 *gz 文件
压缩: gzip readme.txt
解压:gunzip readme.txt.gz
bzip2 和 bunzip2 :用于压缩和解压 *bz2 文件
压缩: bzip2 readme.txt
解压:bzip2 -d readme.txt.bz2
要区分开zip ，gz ，bz2 一个文件一个包，tar.gz里面就有很多文件
tar -zcvf test.tar.gz Data readme.txt##把Data 和 readme.txt都打包到test.tar.gz里面
gzip和zip是把单独的一个文件压缩，原文件会被单独删除掉，但是通过-k参数控制，原文件会保留，如下：
#创建一个Document目录，在改目录下演示，到时候方便我删除。
mkdir Document
#创建两个文件
touch Introduction.txt
touch readme.txt
gzip Introduction.txt
ls##压缩成功后，生成introduction.txt.gz压缩包，introduction.txt文件消失
gzip --help##查看帮助文档，-k是不删除原始文件
gzip -k readme.txt
ls##看到原文件readme.txt和压缩文件
来自生信技能树小郭老师的总结：
- 命令及参数汇总：
| 命令 | 全称 | 功能 |
|---|---|---|
| ls | list | 列出指定路径下信息 |
| cd | change directory |
切换目录 |
| mkdir | make directory |
新建目录 |
| touch | 新建文本 | |
| mv | move | 移动或者重命名文件或目录 |
| cp | copy and paste |
复制文件或目录 |
| rm | remove | 删除文件或目录 |
| tar | tape archive | 压缩****&解压文件 |
| ln | link | 链接文件 |
- 小技巧
ls 命令： 每天要敲一百次
Tab 键 ：每天要按一百次
参数： 不用死记硬背，用多了自然记得，用得少的需要 用的时候再查一下帮助文档，如下：
mkdir --help
zip --help
mv --help
文件名： 不要用中文字符和空格，用下划线或点号代替
选中： 鼠标连续双击选中一个单词，连续三击选中一行
- 其它知识：
纯文本文件，如txt文本，可以改后缀名，里面的内容不变，windows有识别后缀名名的机制，可以用默认的阅读器打开。或是在打开方式，或是属性里设置默认打开方式。
二进制文件，如excel，word文件，不能随便修改文件名，修改后，里面的内容会乱码。
说明：
正在生信技能树上学习小郭老师的Linux课程，以上内容和部分图片用的是小郭老师的课件和课件图。