【2】肿瘤基因检测相关技术原理

前言

• 早发现，早治疗：2020统计中国每年新发恶性肿瘤392万例，死亡233.8万例，平均每分钟4.5人死亡

• 肿瘤检测发展：临床——病理——分子——精准

  
  
  肿瘤检测发展

• 肿瘤十大特征
  持续增殖：EGFR，Ras，Raf，P13K，mTOR
  细胞能量代谢重编程
  抵抗细胞死亡：P53，Bcl2家族，caspase家族
  基因组不稳定和突变
  诱导血管发生：FGF，VEGF，VEGFR
  逃避生长抑制：CDK，Rb
  避免免疫破坏
  无限复制：端粒酶，拓扑异构酶，Cox-2
  肿瘤促发的炎症反应
  活化的侵袭和转移：E-cadherin，intergrin，MMP

• 多基因组检测：美国NCCN指南，中国BRCA1/2基因检测指南

肿瘤基因检测流程

• 全流程

  
  
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• 基因检测流程

  
  
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• 文库制备：
  gDNA片段化：物理超声、内切酶，随机
  末端修复：加A碱基（接头带T）
  Pre-PCR：放大信号
  目标基因区域捕获：设计基因区域探针（DNA/RNA，agilent/roche/BGI），杂交捕获，捕获产品（遗传性肿瘤/耳聋/全外/PGD/单基因/个性化用药/孕产）
  目标区域扩增

测序技术原理及发展

• PCR
• Sanger
• NGS（Ilumina）：速度控制，信号放大（簇），荧光干扰（漂白）
• DNB（BGI）：信号放大（球），片段长，低错误率（始终以原始环为模板，无错误积累）
• SMRT（Pacbio）：ZMW
• 测序技术发展趋势：多细胞——单细胞——单分子——实时单分子——活细胞内测序

• 其他技术：

  
  
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肿瘤基因组临床应用专题：
【1】 肿瘤医学研究前言进展
【2】肿瘤基因检测相关技术原理
【3】肿瘤基因组数据分析方法概述
【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件
【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程
【6】肿瘤胚系突变遗传分析及数据库使用
【7】基于NGS检测体系变异解读和数据库介绍
【8】肿瘤临床遗传咨询及案例分析