学习小组Day3笔记——山川石

Linux下软件的安装

Linux的App Store

Conda是最方便快捷的软件下载器，日常生信使用的是Miniconda。

以下引自生信星球

• conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
• anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙

• miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域

  
  
  conda、miniconda与anaconda的关系图

Miniconda的下载与安装

下载

搜索Miniconda 清华，进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/。在自己的电脑服务器上输入命令uname -a查看服务器位数，根据位数安装最新版本，右键复制下载链接，打开biosoft目录。

复制下载链接

查看服务器并打开biosoft目录

使用wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh下载。

wget下载

注意：sh是脚本，后续安装失败还可以再使用这个脚本。

安装

使用命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh开始安装。

安装

按下回车键，可以看到很长的Miniconda End User License Agreement，不断回车直至不再出现more，此时出现Do you accept the license terms? [yes|no]再输入yes，安装即开始。安装过程还有几个输入yes或者按下回车键，这里根据程序做出相应命令，直到出现Thank you for installing Miniconda3!，说明安装成功。

按下ENTER键

安装后还需要激活！
source ~/.bashrc激活conda，输入conda检验，出现下面的信息就说明安装成功了。

激活成功

最后是添加镜像，输入以下代码即可。

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda搜索、下载、删除软件

查看当前所有软件列表conda list

软件列表

搜索软件

conda search 软件名称

以fastqc为例

安装软件

conda install fastqc -y，-y是自动安装，如果不加-y需要手动输入y，同样可以安装，如下图。

不加 -y

以下引自生信星球
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -

卸载软件

使用conda remove fastqc -y即可卸载fastqc。

Conda 环境

在不同的项目中有时需要使用不同的软件版本，使用不同的conda 环境可以安装不同的软件。

• 查看环境：conda info --envs
  
  查看环境
• 建立环境
  建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic。
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  再次查看环境，发现多了一个rna-seq，但默认还是base（*代表默认环境）
  建立rna-seq环境
• 激活环境
  使用conda activate rna-seq，发现用户名前变为了(rna-seq)。可以输入软件名称fastqc，检验是否可以使用。
  
  激活环境