1.安装R和Rstudio

Rstudio相当于R语言的一个人性化/图形的界面
果子学生信给自己一个全新的R语言环境
之前有装过，但感觉还是很陌生。。。

2.粗略了解R语言、Rstudio

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1：脚本区域
脚本区域的主要作用是记录代码。A区域的顶上的标签可以切换。A区域中的脚本的内容可以查找，删除，替换，回撤。快捷键如下：
Ctrl + F 查找（替换）
Ctrl + Z 回撤

2：交互区域/控制台（脚本运行和结果显示）
交互区域是你与R语言谈话的一个区域，你输入一个命令，R给你返回一个结果。B区域会记录你之前运行过的命令，可以通过“↑”和“↓”查找之前运行的命令。

3：参数区域（环境/对象/变量列表；历史命令）
参数区域会记录你赋值的变量，之前运行过的命令。可以直接点击变量名称查看，也通过点击命令，将命令快速存储在脚本区域内。
参数区域的import dataset这个功能大家以后可能会经常用的，它的作用是导入外部数据，并且自动生成响应的代码在交互区域。

4：辅助区域（文件/图片/帮助/包）
辅助区域是一个非常友好的区域，在这个区域里面，我们可以查看已经安装的R包，加载新的R包，查看帮助文档，显示绘图以及管理你的R文档，我爱辅助区域！

3.尝试两个函数

plot()

R语言之plot绘图函数的使用

plot()函数是一种常用的绘图函数，用其可以绘制散点图、曲线图等。
R语言中plot()函数的基本格式如下：
plot(x,y,...)
plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标；函数中的...为附加的参数。
plot函数默认的使用格式如下：
plot(x, y = NULL, type = "p", xlim = NULL, ylim = NULL, log = "", main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, ann = par("ann"), axes = TRUE, frame.plot = axes, panel.first = NULL, panel.last = NULL, asp = NA, ...)
主要参数的含义如下：

（1）type为一个字符的字符串，用于给定绘图的类型，可选的值如下：
"p"：绘点（默认值）；
"l"：绘制线；
"b"：同时绘制点和线；
"c"：仅绘制参数"b"所示的线；
"o"：同时绘制点和线，且线穿过点；
"h"：绘制出点到横坐标轴的垂直线；
"s"：绘制出阶梯图（先横后纵）；
"S"：绘制出阶梯图（先纵后竖）；
"n"：作空图。
（2）main参数字符串，给出图形的标题；
（3）sub参数字符串，给出图形的子标题；
（4）xlab 和 ylab参数字符串，用于给出x轴和y轴的标签。
（5）xlim 和 ylim参数都是二维向量，分别表示x轴和y轴的取值范围。

R语言中rnorm函数

rnorm(n, mean = 0, sd = 1)
n 为产生随机值个数（长度），mean 是平均数， sd 是标准差。
使用该函数的时候后，一般要赋予它 3个值.
rnorm（）函数会随机正态分布，然后随机抽样或者取值 n 次，
rnorm（5，0,1）以N（0,1）的正态分布，分别列出5个值。
r 这列代表随机，可以替换成dnorm, pnorm, qnorm 作不同计算
r = random = 随机， d= density = 密度， p= probability = 概率， q =quantile = 分位

plot(rnorm(50))

day4-1-plot(rnorm(50)).png

boxplot()

boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))

day4-2-boxplot.png

iris是R语言自带的一个数据框.讲解函数时以iris数据集为基础可以方便理解。（https://zhuanlan.zhihu.com/p/26383846）
iris以鸢尾花的特征作为数据来源，常用在分类操作中。该数据集由3种不同类型的鸢尾花的50个样本数据构成。其中的一个种类与另外两个种类是线性可分离的，后两个种类是非线性可分离的。该数据集包含了5个属性：
Sepal.Length（花萼长度），单位是cm;
Sepal.Width（花萼宽度），单位是cm;
Petal.Length（花瓣长度），单位是cm;
Petal.Width（花瓣宽度），单位是cm;
种类：Setosa（山鸢尾）、Versicolour（杂色鸢尾），以及Virginica（维吉尼亚鸢尾）。

4.学会外观设置和基本操作

设置字体大小

用Rproject管理工作目录

R语言只能和一个文件夹进行互动
R-project管理多个R工作目录-生物星球

#设置工作目录：setwd()
#查看工作目录：getwd()
getwd()
[1] "D:/bio/入门学习"

发现了宝藏“生信技能树”

隔壁生信技能树公益视频合辑（学习顺序是linux，r，软件安装，geo，小技巧，ngs组学！）
国内看B站，教学视频链接：https://m.bilibili.com/space/338686099
国外看YouTube，教学视频链接：https://m.youtube.com/channel/UC67sImqK7V8tSWHMG8azIVA/playlists
友情链接：
生信工程师入门最佳指南
学徒培养
资料大全

显示文件列表

#直接打命令不跟路径会显示默认路径，也就是工作目录。相当于linux的ls。
> dir()
[1] "入门学习.Rproj"
> list.files()
[1] "入门学习.Rproj"

#在文件夹内新建一个txt
> list.files()
[1] "入门学习.Rproj" "学习.txt"

加减乘除

> 1+2
[1] 3
> 1-2
[1] -1
> 1*2
[1] 2
> 3^2
[1] 9
> 1/2
[1] 0.5
> sqrt(9)
[1] 3
> abs(-5)
[1] 5
> log2(16)
[1] 4
> log10(1000)
[1] 3

赋值

> x <- 3+3
#赋值后，x会显示在右上角的框，Environment里的Value列表里    
> x
[1] 6

删除变量

> a<-3
> b <- 1
> c <- 4
> u <- 5+6
> rm(b)
> rm(a,u)
> rm(list=ls()) #删除所有变量

列出历史命令

history() #相当于鼠标单击右上角的history标签

当你双击参数区历史命令中的某个命令，他就会跳到你的控制台大于号后面了，可以修改后运行。

清空控制台

快捷键ctrl+l

学习小组Day4笔记--尤书书