11 KEGG通路绘制

有的时候我们会需要绘制一些通路图用来描述不同基因、蛋白、通路之间的关系。一般来说KEGG数据库是一个很好的选择，但是KEGG数据库中的通路图是静态的图片，而有的时候我们会需要对于这些通路图做一些修改或是美化。

下载KEGG数据

首先我们需要将相关通路的数据下载下来。当找到合适的通路图后点击Download KGML即可下载通路图中的数据。

下载KEGG数据

下载的数据是一个XML文件，这个文件描述了图片中各个节点的信息，根据这些信息就可以还原出整张通路图。

图片.png

对于XML文件的解析需要借助于以下两个Cytoscape插件

• KEGGscape
• CyKEGGParser

在Apps-App Manager...中安装着两个插件。

安装插件

点击Apps-KEGGParser-LoadKGML-Load Local KGML导入下载到本地的xml文件，即可将KEGG网络导入Cytoscape，然后就可以使用Cytoscape的功能来对图形进行修改和美化了。

用Cytoscape编辑KEGG网络

除此之外，我们还可以根据通路的ID直接导入通路，不需要下载XML文件。

从网络导入KEGG