微生物基因组学及比较基因组学分析管道PGCGAP的安装及使用详细教程

PGCGAP是用于原核生物基因组学和比较基因组学分析管道，该管道包含12个模块，可以接受Illumina双端reads、Oxford reads或PacBio reads作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释，并可以进行比较基因组学分析，包括构建单拷贝核心蛋白进化树以及单拷贝核心基因SNPs进化树，基于Multi-FASTA序列构建进化树，泛基因组分析，全基因组平均核苷酸一致性（ANI）计算，同源蛋白家族聚类，COG注释，SNPs和INDELs calling，抗生素抗性基因预测。该管道可以通过conda实现一键安装，现已更新至V1.0.32。

PGCGAP相关链接：

Github仓库：https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap

英文网页：https://www.liaochenlanruo.fun/pgcgap/

中文网页：https://www.liaochenlanruo.fun/post/848f.html

为了帮助生信初学者或无基础者熟练使用PGCGAP，我们还在《Protocol exchange》上发布了“Build a Bioinformatics Analysis Platform and Apply it to Routine Analysis of Microbial Genomics and Comparative Genomics”，带领大家在个人电脑上搭建生物信息学分析平台，并通过实例一步步的演示PGCGAP的所有功能用法。

教程及引用地址：

https://dx.doi.org/10.21203/rs.2.21224/v3

生物信息入门学习网页

英文版：https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap/wiki

中文版：https://www.liaochenlanruo.fun/post/f6c9.html

QQ群：945751012

微信公众号：BMB Bioinformatics

更多生信分析可访问 了尘兰若的小坑：https://www.liaochenlanruo.fun