IGV-基因组浏览器-改造记录（一）

我一直都相信，
只要有足够长的时间，没有什么事情是我们做不到的。
我也明白，
人的生命是有限的，所以追求的东西应该尽可能少。
我只是没想到，
很多时候，不是你没时间，而是你身边的人，等不了。而事实上，你也等不了。
感伤是没有意义的。
无论何时何地，保持往前行进，总是对的。

写在前面

在前述的推文，我已经分享了《任何人，如何改造IGV基因组浏览器》。但是似乎，并没有太多人感兴趣。当然，这个也并不值得Care，毕竟不是每个人都有时间做一个自己需要的工具。
前述我已经提过，设计，实现了两个我自己其实并不满意的浏览器，所以我最终还是决定直接改造IGV。
浪费了两天时间，终于基本可以认为是，完成了一个两年前就计划做的事情。
这个事情，也是现在的博导与我刚认识不久，就讨论到的一个事情。
可能时间确实能解决以前。两年前，做不到的事情；现在并没有觉得太过复杂就折腾好了。

改造IGV的初衷

关注过sRNA测序数据分析，尤其是相对高水平的植物小RNA相关论文，那么应该见过类似下图。

这三个小图，展示的都是sRNA中特殊的一类，即phasiRNAs（往往与育性有关，如水稻的热敏雄性不育）。三个图，均来自植物sRNA研究大牛Blake课题组的网页浏览器（传言，浏览数据和输出可发表的图片，需要的是两个不同版本的浏览器）。呃....各种原因，我从来没有使用过...

两年前，博导与我商量，猜想着，是否有可能，在IGV上直接展示这类点图，那么一方面高效，另一方面直接得到矢量图。那会他的设想是改造IGV，我的设想是自己从头写一个。中间的插曲是，我花了大半天，确实是改造了一个看起来能用的IGV，其实有问题。后续，我们都没有再提起这个事情。但这个想法，我从来就没有放下过。为此，我在写JIGplot图形引擎的时候，都是不时地会考虑一些可以用在基因组浏览器的部件。
总的来说，两战两败，无论我怎么写，再有看起来不错的特性，始终感觉无法超过IGV。只能认怂，重新回来改造IGV。于是有了以下功能。

sRNA测序数据的readLen点图

在IGV中，每一个BAM或者SAM文件导入之后，可以实时生成一个Coverage Track，如果是RNAseq数据的话，那么也还可以实时生成一个Juncitons Track。这两类Track在大多数数据分析中都是有用的，如

可以很好的看出每个位点的覆盖率，可变剪接等。
但是，对于小RNA数据，则并没有太多有用的插件。尤其是当我们需要前述Blake课题组的浏览器类似的功能时。于是，改之可得。

改造，并使IGV对于BAM文件的展示，即AlignmentTrack可以跟支持CoverageTrack一样，支持一种新的Track。
其中，每一个位置会有0~5个点，不同点的颜色对应不同的read长度。如橙色对应的是24nt的sRNA，而浅蓝色对应的是21nt的sRNA，绿色对应的是22nt的sRNA，紫色对应23nt的sRNAs，其他长度对应的是剩余长度的sRNAs。点的高度对应的是该sRNAreads的丰度。
所以整体上，可以辨识出，右侧即为一个21nt的PHAS locus。

由于，我们增加的一个新的Track类型，所以整体上，他的使用与CoverageTrack是类似的。于是可以在不查看Alignment的时候，同时可视化多个BAM文件，进行不同样本之间的比较。如

可以看出，第一个样品右侧的locus上24nt的reads相对于其他样品多，或许是甲基化高频区域。

功能的调出

开启这个Track的方式，与Coverage的开启和关闭是类似的，

另外的，当然也只是AutoScale（上图均用的SetDataRange...）

写在后面

事实上，也有不少其他增加的功能。留待后续再推。
距离人生大事，有十天时间。总的来说，整体上这个事情，麻烦了双方家人较多事情，后续也要麻烦很多的亲朋好友。
这几天邀请了一些朋友，也忘了邀请一些朋友，也不敢邀请一些朋友。
这似乎是一个比较复杂的事情。不邀请的，或许会担心朋友觉得你没把他放在心上；邀请的，则会担心朋友不好意思拒绝而不得不（请假并赶去）参与。我最后是更多的选择不邀请。
当然，这个过程中，我也重新审视了自己过去的时间里面，与认识的人之间的交往方式。事实上，我发现，我的朋友确实很少；尤其是硕士以前，这主要是我个人始终没搞明白，到底人与人之间的交往，如果才是正确。或者直白一些说，我似乎很少真诚地对待确实将我视作朋友的人。
硕士以后，我认识了现在的女朋友，我才真正明白，其实每个人都可以过得很真实，并没有必要去担心太多其他人的想法和看法。或者简单地说，还是要活出自己。更或者通俗地说，“人活着，最重要的是开心”。
总的来说，或许我认知内，朋友之间的交往，应该是一个真心换真心的过程。而是否真诚，其实一两次交谈便可以知晓。