学习小组Day3笔记--YUE

Linux环境下下载及安装软件

准备工作

1. 确认压缩软件bzip2；若没有需要 yum install -y bzip2安装
   2.Miniconda 软件下载器下载及安装

• linux64-bit-python3.7对应的版本→右键-复制下载链接
• mkdir biosoft→cd biosoft→ wget 链接（复制粘贴为鼠标左键及右键）。eg：sh是脚本（文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，wget为下载命令

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• bash 运行脚本命令

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 激活 ``source ~/.bashrc
• 添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

软件安装与卸载

1. 查看所有软件列表：conda list
2. 搜索软件fastqc： conda search fastqc
3. 安装fastqc: conda install fastqc -y
4. 卸载fastqc: conda remove fastqc -y;eg: -y表示自动安装

不同环境的应用

1. 环境：（我的理解）做不同的菜需要不同大小的容器，在linux中，当分析不同的数据需要统一软件的不同版本时，需要切换， 二者互补影响。
2. 查看当前存在的环境, conda info -envs。

(base) [root@mayue ~]# conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /root/biosoft/yes

*:默认的environment

3. 新建环境：

• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(建立一个名叫rnaseq的conda环境,指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic)

4. 激活新环境（conda下）
   conda activate rna-seq, root前会变成（rna-seq）
5. 卸载
6. 卸载环境下的软件 conda remove -n rna-seq fastqc -y
7. 卸载全部软件：

• step1: 退出当前环境: conda deactivate
• step2: 卸载:conda remove -n rna-seq --all
  ~~
  时间仓促，粗略学习，需要反复熟悉。