麦冬花儿
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2021-01-04遗传图谱VS物理图谱

转载自：https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/54406194?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromBaidu-1.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromBaidu-1.control

### 遗传图谱比较或者遗传图和物理图谱比较

今天在Bioinformatics杂志上看到一篇关于遗传图谱之间比较的文章，感觉不错，特介绍如下。

题目是：The Genetic Map Comparator: a user-friendly application to display and compare genetic maps

PMID: 28073759 DOI: 10.1093/bioinformatics/btw816

但暂时看不到其论文。但是软件还是可以下载安装或者在在线使用也可以。

网址：http://www.agap-sunshine.inra.fr/genmapcomp/

当然也可以下载安装，然后在本地运行

命令如下

install.packages(shiny)

library(shiny)

runGitHub("GenMap-Comparator","holtzy")#会自动下载和安装所需要的包

图谱输入文件格式如下：第一列为染色体名称 第二列为标记名称 第三列为标记的遗传距离或者物理距离。

LG1 marker_52  0

LG1 marker_23  29.4

LG1 marker_18  31.2

LG1 marker_8    40.5

LG2 marker_12  0

LG2 marker_3    3.3

LG2 marker_98  4.6

LG2 marker_72  10.8

画一些相关图还是挺方便的，但就是太丑了，只有一张勉强可以在发文章时使用，其余必须重画。

贴一些图让大家看看。

这个图，点太大了

这个勉强还可以用

这个图丑爆了

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