GEO数据上传的详细步骤演示
想必很多老师、同学们对转录组相关数据如何上传至GEO数据库存在困惑，本篇整理了GEO数据上传的相关步骤，教大家如何上传数据。
1 登录GEO
1.1 GEO地址
进入GEO数据库，两种方法：
在NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）主页，点击“Submit”>“GEO”，即可进入GEO数据库界面。
或者直接输入GEO地址（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html）进入。
1.2 注册登录GEO
为了上传数据，首先需要登录账号，点击界面右上方“login”。
新用户需要先注册，填写相关信息后，账号通过邮箱激活。
登录后，如果账号是首次登录，需要完善个人信息，包括国家、地区、所属单位等。
2 GEO数据上传
进入GEO数据库后，在首页界面选择将要上传的数据类型。大体上，上传数据类型可分为3类：
芯片数据；
高通量数据，如RNA-seq、ChIP-seq等；
其它表达谱数据，例如RT-PCR等。
接下来以某RNA-seq数据上传为例展示，点击上传高通量数据类型。
2.1 上传数据要求
根据网站要求，需要上传3种数据，包括：
信息表（Metadata spreadsheet），这个由GEO网站提供，需下载填写；
一些重要的处理后数据（Processed data files），如基因表达值矩阵等；
原始测序数据（Raw data files），如fastq文件，推荐使用clean data。
并且，GEO网站中列出了一些注意事项，仔细阅读网站界面下方的内容即可，大致上有以下几点：
GEO接受数据是有关基因表达定量、基因调控，表观遗传学或其它功能基因组的研究，包括RNA-seq、ChIP-seq、HiC-seq、甲基化测序等，不接收全基因组、宏基因组等类型。
原始测序数据是必须要提交的，由于后续将自动提交SRA，因此需要提供SRA支持的格式。推荐上传gz压缩的fastq文件（不要使用zip压缩），且各个样本已做拆分。
处理后的数据也是GEO提交的必需部分，但只限于非常重要的，例如原始基因表达count值、FPKM标准化后的矩阵、ChIP-seq定量峰bed文件等。一些中间文件，或者大文件，如基因组比对后的BAM不推荐上传，除非有特殊必要需发邮件提前咨询工作人员。
对于上传的数据，需要校验MD5码并填写在信息表中，便于审核文件是否完整。
2.2 填写信息表
首先下载信息表填写相关的信息。
在下载的Excel表中，“METADATA TEMPLATE”中填写上传数据信息，包括试验描述、样本信息、数据类型等。“EXAMPLE”中提供了相关的参考示例，根据实际数据模仿填写即可。
以展示RNA-seq的EXAMPLE 2为例简单说明下该表。
“SERIES”是对整个试验的描述。
title可以是发表文章的标题，summary可以是发表文章的摘要（请描述详细，不能太少），contributor可以为贡献作者。
填写文章的标题摘要比较省事，当然也可以重新构思描述信息，比如该数据在多个文章中使用时，可以综合为一个统一的试验描述。
“SAMPLES”是对样本的描述，“PROTOCOLS”、“DATA PROCESSING PIPELINE”是关于样本处理以及测序细节。
对于样本描述，就是样本名称、来源的物种、组织、细胞类型等，以及各样本对应的数据文件，尽可能补充完整吧，除了不涉及的选项可以不填（比如是组织测序，不涉及细胞系，因此细胞类型等就无需填写了）。
对于样本处理、测序，就是有关的RNA提取、文库构建等试验，这些若存在疑问，建议咨询测序公司比较好。
最后的三项内容，就是上传文件的细节信息。
包括文件名称、类型、MD5码等，以及若是双端测序还需指定R1和R2端测序数据文件的对应关系。
2.3 上传数据
信息表填写无误后，开始上传数据。
首先返回GEO网站界面，查看有关数据上传的相关说明。
初次使用GEO，首先需创建工作空间，以用于后续在服务器站点中作为个人存放数据的目录。记录Step1中的个人路径，后续上传文件时需要指定。
然后，点击Step2查看上传说明，下载安装指定的传输工具，上传数据。包括主机、用户名、密码以及个人账号路径等。
若有疑问，可在GEO网站界面下方查看答疑解惑。
仔细阅读GEO网站中传输数据的要求，按要求将所有数据，包括原始测序数据、基因表达矩阵、信息表等摆放至一个文件夹中，然后将该文件夹直接拖动至服务器的个人路径下就可以了。
传输时间由总文件数量、大小及网速决定。传输完成后一定要仔细对比下前后的文件大小是否一致，用于判断是否出现传输断点，是否有文件需要重新上传等。
2.4 提交审核
确认上传的数据一切无误后，返回GEO网站，点击Step3的“Notify GEO”。
根据所填写信息编辑页面，如果确认上传，最后点击Submit。
如果点击Submit提交了审核（真实上传数据时），接下来的几天内，注册NCBI账号时使用的邮箱中，会收到来自GEO官方的邮件。若有问题，会在邮件中告知，之后按照提示修改即可。若无问题，等待后续数据释放就可以了。
如果未点击Submit（例如仅为测试GEO数据上传步骤），已上传的数据将默认在2周内自动清除。