GO Term的每条记录的描述

示例

# ！是基本要素
[Term]
# ！通用开头

id: GO:0000075
# ！GO id:一个以GO：为前缀的唯一七位数字标识符

name: cell cycle checkpoint
# ！人可读的术语名词

namespace: biological_process
# ！本体类别

alt_id: GO:0031576
alt_id: GO:0071779
# 含义相同的辅助ID

def: "A cell cycle process that controls cell cycle progression by monitoring the integrity of specific cell cycle events. A cell cycle checkpoint begins with detection of deficiencies or defects and ends with signal transduction." [GOC:mtg_cell_cycle]
# ！Definition定义，对术语的文本描述；引用来源PMID:12023280等

comment: This term should not be used in direct manual annotation as it should always be possible to minimally designate mitotic or meiotic checkpoint, and usually to additionally specify the checkpoint (i.e mitotic spindle assembly checkpoint, mitotic DNA damage checkpoint etc). Note also that the effector processes are not part of the checkpoint but are positively regulated by the checkpoint signaling and should not be annotated here.
# Comment评论：有关该术语及其用法的任何额外信息

subset: gocheck_do_not_manually_annotate
# Subset子集：表示该术语属于指定的术语子集

synonym: "G1/S checkpoint" NARROW []
synonym: "G1/S transition checkpoint" NARROW []
synonym: "G2/M checkpoint" NARROW []
synonym: "G2/M transition checkpoint" NARROW []
# Synonyms同义词以及同义词的范围，BROAD 广泛；EXACT 确切；NARROW：狭义；RELATED：相关

xref: MIPS_funcat:10.03.01.03
xref: Wikipedia:Cell_cycle_checkpoint
# 其他数据库的引用情况

is_a: GO:0009987 ! cellular process
is_a: GO:0045786 ! negative regulation of cell cycle
# ！这是术语关系，待再介绍

GO术语元素

1.基本要素

唯一标识符和术语名称

每个术语都有一个人类可读的术语名称 - 例如线粒体，葡萄糖跨膜转运或氨基酸结合 - 和GO ID，一个以GO：为前缀的唯一七位数字标识符，例如GO：0005739，GO：1904659，或GO：0016597。

方面

表示该术语属于三个子本体（细胞成分，生物过程或分子功能）中的哪一个。

Definition定义

对术语表示的内容的文本描述，以及对信息来源的引用。

与其他Term的关系

该术语如何与本体中的其他术语相关。所有术语（除了代表上述每个方面的根术语之外）都具有与另一个术语的子类关系; 例如，葡萄糖跨膜转运（GO：1904659）是单糖转运（GO：0015749）。基因本体论采用了许多其他关系; 的关系文档页面描述了本体使用的关系。

2.可选元素

辅助ID（也称为备用ID）

Secondary IDs (also known as Alternate ID)

当两个或多个术语的含义相同时，辅助ID会出现，并合并为一个术语。保留所有术语ID，以便不丢失任何信息（例如，对合并的ID的注释）。

Synonyms同义词

Exact
Broad
Narrow
Related

与术语名称含义密切相关的替代词或短语，表示同义词范围给出的名称和同义词之间的关系。GO同义词的范围是：

• 确切：完全相同; 可与术语名称互换; 例如，鸟氨酸循环是尿素循环的确切同义词
• 广泛：同义词比术语名称更广泛; 例如，细胞分裂是胞质分裂的广泛同义词
• 狭义：同义词比术语名称更窄或更精确; 例如，通过光裂解酶修复嘧啶 - 二聚体是光反应性修复的狭义同义词
• 相关：这些术语以一些不精确的方式相关; 例如细胞色素bc1复合物是泛醇 - 细胞色素-c还原酶活性的相关同义词毒力是发病机制的相关同义词

自定义同义词类型也用于本体。例如，许多同义词被指定为系统同义词; 此类同义词是术语名称的完全同义词。

Database cross-references数据库交叉引用

数据库交叉引用或dbxrefs指的是其他数据库中相同或非常相似的对象。例如，分子功能术语视网膜异构酶活性（GO：0004744）与RHEA交叉引用：24124 ; 生物过程术语ulfate同化（GO：0000103）具有InterPro交叉参照硫酸盐腺苷酰转移酶（IPR002650）。

Comment评论

有关该术语及其用法的任何额外信息。

Subset子集

表示该术语属于指定的术语子集，例如GO子集之一。

Obsolete tag过时的标签

表示该术语已被弃用，不应使用。如果GO术语超出范围，误导性地命名或定义，或者描述了可以以另一种方式更好地表示并且需要从已发布的本体中删除的概念，则该术语被淘汰。在这些情况下，术语和ID仍然存在于本体中，但该术语被标记为已过时，并且与其他术语的所有关系都将被删除。如果可能的话，会在详细说明废弃的原因以及建议替换条款的术语中添加注释。

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学习链接：http://geneontology.org/docs/GO-term-elements