一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润（二）

 

之前讲过临床模型预测的专栏，但那只是基础版本，下面我们以自噬相关基因为例子，模仿一篇五分文章，将图和代码复现出来，学会本专栏课程，可以具备发一篇五分左右文章的水平：

本专栏目录如下：

Figure 1：差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考) 

Figure 2. 生存分析，箱线图表达改变分析（图片仅供参考）

Figure 3. 基因富集分析（图片仅供参考） 

Figure 4.构建临床预测模型（图片仅供参考）

Figure 5.训练集训练模型（图片仅供参考）

Figure 6.测试集测试模型（图片仅供参考） 

Figure 7.外部数据集验证模型（图片仅供参考）

Figure 8.生存曲线鲁棒性分析（图片仅供参考）

FIgure 9.列线图构建，ROC分析，DCA分析（图片仅供参考）

Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润（图片仅供参考）

下面分析机制，机制分析有多种方法，GSVA、GSEA和普通的富集方法（DAVID富集）等。

下面我们先讲一讲普通的富集方法，首先就是计算高低风险组的差异表达基因，然后将差异表达基因提交给DAVID网站，具体代码如下：

下面计算差异表达基因，和之