一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(二)

 

之前讲过临床模型预测的专栏,但那只是基础版本,下面我们以自噬相关基因为例子,模仿一篇五分文章,将图和代码复现出来,学会本专栏课程,可以具备发一篇五分左右文章的水平:

本专栏目录如下:

Figure 1:差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考) 

Figure 2. 生存分析,箱线图表达改变分析(图片仅供参考)

Figure 3. 基因富集分析(图片仅供参考) 

Figure 4.构建临床预测模型(图片仅供参考)

Figure 5.训练集训练模型(图片仅供参考)

Figure 6.测试集测试模型(图片仅供参考) 

Figure 7.外部数据集验证模型(图片仅供参考)

Figure 8.生存曲线鲁棒性分析(图片仅供参考)

FIgure 9.列线图构建,ROC分析,DCA分析(图片仅供参考)

Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(图片仅供参考)

下面分析机制,机制分析有多种方法,GSVA、GSEA和普通的富集方法(DAVID富集)等。

下面我们先讲一讲普通的富集方法,首先就是计算高低风险组的差异表达基因,然后将差异表达基因提交给DAVID网站,具体代码如下:

下面计算差异表达基因,和之

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