KEGG Pathway通路结果绘制气泡图

参考CSDN博客ntuYision：使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码

getwd()

setwd("D:/Desktop/")     #查看和修改工作目录

library(ggplot2)     #加载ggplot2包

pathway = read.csv("kegg.csv",header = TRUE,row.names = 1,check.names = FALSE)   #读入文件，第一列预留行名

p = ggplot(pathway, aes(Pvalue,Pathway))

p = p + geom_point()    

p = p + geom_point(aes(size=Count))       #修改点的大小

pbubble = p + geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(Pvalue)))     #展示三维数据

pr = pbubble + scale_color_gradient(low="blue",high = "red")    #设置渐变色

pr = pr + labs(color=expression(-log10(Pvalue)),size="Count",x="Pvalue",y="Pathway name",title="Pathway enrichment")

pr + theme_bw()     #绘制气泡图

ggsave("out.pdf")