GEO数据库

GEO数据库是什么?

1.GEO，全称Gene Expression Omnibus,中文名叫基因表达综合数据库，网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),是由美国国立生物技术信息中心于2000年创建并维护至今的高通量量基因表达数据库
2.GEO是一个国际公共数据库，收录并整理了全球范围内研究工作者上传的微阵列芯片、二代测序及其他形式的高通量基因组数据，并提供免费下载。

数据组织结构

1.GEO数据库有GEO DataSets和GEO Profiles两个子数据库构成。两者的区别是前者以数据集为单位，存储同一实验数据；后者以基因为单位，存储基因在数据集中的表达谱。
2.GEO的数据类型有5种：platform（平台）、samples（样本）、series（系列）、dataset（数据集）、profile（基因表达谱），前四种数据都有GEO专门分配的编号，指向唯一的数据，编号均以GEO缩写“G”+平台缩写+流水号构成：

• platform：平台编号以“GPL”开头，如GPL16783；
• samples：样本编号以“GSM”开头，如GSM4567；
• series：是将构成某个实验的相关样本集中到一个有意义的数据集，包括实验设计、描述、组别、样本等信息以及检测数据文件，以“GSE”开头；
• dataset、profile：serises数据进一步分析处理成 dataset和profile， dataset即被分析好的series，编号以“GDS”开头； profile则存储一个个基因在DataSet个分组中的表达谱，分配的是流水号，不冠以特定的开头。

GEO数据库的使用

1.点击网址进入NCBI数据库（可直接搜索NCBI）
2.GEO数据库检索页面

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注释: 1.下拉菜单栏选择GEO数据库（GEO DataSets 、GEO Profiles） 2.检索栏，可直接输入关键词或运用布尔逻辑运算符检索 3.高级检索 4.输入检索词后点击search

检索结果解读

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数据下载

下载页面

下载结果是TXT文件，建议用EXCEL打开。如下图：

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