2021-05-11 Hic-Pro下游分析

相信大家再用了Hic-Pro对Hic和Hi-Chip的数据进行分析以后，肯定会有一些疑问，这样的interaction结果虽然我们知道了两个坐标之间存在交互，但是如何可视化？这就需要用到Hic-Pro的下游分析的结果了，在这里我们采用Lareau, C.A. and Aryee, M.J. (2018) "hichipper: A preprocessing pipeline for assessing library quality and DNA loops from HiChIP data." bioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/192302 的hichipper软件来进行分析吧！

hichipper安装：

(1) pip install hichipper(注意：这是一个python程序，所以不需要make啊或者其他操作)

(2) 查看版本和帮助文件hichipper  --version, hichipper --help，如果没有报错这说明可以使用了；

(3) 使用的时候我们先创建一个XXX.yaml的文件：如下所示：

三项内容分别为：

peaks: Chip形成的.narrowPeak文件的绝对位置；

resfrags:这个是看下Hic文库构建的时候用的那种酶进行切割的，本文件生成方法见Hic-pro软件目录下：/home/bijf/hicpro/HiC-Pro_2.11.1/annotation/README.rst

hicpro_out:直接输入hic-pro结果的相对路径即可。