2021-08-25 基于Base editor的CRISPR Screen——BARBEKO

  前面我们介绍了CRISPR Screen和基于标签化sgRNA的iBAR。以往应用与CRISPR Screen的系统主要包括knockout（KO）， CRISPRa 和CRISPRi。对于KO系统，其一个显著的弊端就是会引入双链DNA断裂，这对于细胞本身是有“毒”的，因此基于KO系统的CRISPR Screen会导致偏高的假阳性。CRISPRa和CRISPRi虽然不会引入双链DNA断裂，但其对基因的调控程度存在显著的差异，一些基因可能能够被显著激活或抑制，但也有很多基因的激活或抑制程度明显不足，这也势必造成偏高的假阴性。今天分享的BARBEKO则是基于Cytosine Base editor(CBE)，通过将基因表达关键位置的碱基（例如起始密码子，剪接位点等）进行突变，实现对基因的功能性缺失。

图1，BARBEKO

三言两语
1.针对包含胞嘧啶（C）的关键位点进行sgRNA设计：例如起始密码子ATG经过CEB转变为ATA（图2），CCA等则可以变成终止密码子TAA，造成翻译提取终止。

图2，BARBEKO靶向策略

2.BARBEKO同时引入iBAR策略，可以实现高MOI条件下的感染。

Reference

1. Chatterjee, P. BARBEKO'ing in the lab: Versatile CRISPR screens with barcoded base editors. Mol Cell 81, 3046-3047 (2021).
2. Xu, P. et al. Genome-wide interrogation of gene functions through base editor screens empowered by barcoded sgRNAs. Nature Biotechnology (2021).