2021-12-08 bedbimfam行列含义

bim文件

1 1_4880 0 4880 T C
1 1_5975 0 5975 G T
1 1_6063 0 6063 T C
1 1_6449 0 6449 C T
1 1_6514 0 6514 C T
1 1_6603 0 6603 C T
1 1_10219 0 10219 A T
1 1_10969 0 10969 G A
1 1_11493 0 11493 A G
1 1_12584 0 12584 A C

image.png

fam文件

1 Ref 0 0 1 1
2 CS76409 0 0 1 1
4 CS76410 0 0 1 1
5 CS76411 0 0 1 1
6 CS76404 0 0 1 1
7 CS76423 0 0 1 1
8 CS76367 0 0 1 1
10 CS76364 0 0 1 1
11 CS76361 0 0 1 1
12 CS76424 0 0 1 1

image.png

phe 文件

phe文件前两列和fam文件一致，每个个体及其家系编号及家系内部编号，后面的每一列都是表型

bed文件

image.png

image.png

assoc.linear文件

image.png

染色体
snp 名字
base-pair 物理位置
Tested allele (minor allele by default)
Code for the test
Number of non-missing individuals included in analysis
Regression coefficient (--linear) or odds ratio (--logistic) 也就是beta值（回归系数）
Coefficient t-statistic （beta除以standard error, 越大越显著）
Asymptotic p-value for t-statistic P值 看显著