有趣有用的PCA

原创：hxj7

PCA是数据降维的经典方法，本文给出了一个将PCA用于图片压缩的例子，并探索了标准化处理（normalization）对PCA的影响。文末还讨论了PCA推导第一主成分的过程。

PCA (Principal component analysis，主成分分析) 是一个经典的数据降维方法，可以将高维数据映射到低维空间中，使得低维空间中点在新坐标轴（主成分）上的坐标间方差尽可能大。PCA被广泛应用于各行各业的数据分析，其中当然也包括生物数据的分析。

讲解PCA的文章数不胜数，本文旨在作为一个学习笔记，不对PCA的原理和应用作过多重复的介绍；而是先给出一个将PCA用于图片压缩的例子，从而能够直观地感受PCA的效果；然后结合这个例子对PCA的推导做一些讨论。

目录

• PCA压缩灰度图片
• PCA压缩RGB图片
• PCA推导第一主成分
• 小结
• 附录：相关代码和参考来源

PCA压缩灰度图片

我们可以将图片看作是一个 （灰度空间）或者 （RGB空间）的数组。以灰度图片为例，可以利用PCA将的矩阵降维成 （）的矩阵，从而达到图片压缩的效果。

我们选择经典图片Lenna作展示 [来源参考附录六]，Lenna图片的大小是。在这个例子中，我们首先将彩色的图片转化为灰度图片。

在这里插入图片描述

（灰度原图）

我们看看在降维之前先对数据进行标准化（normalization）处理的话，会有怎样的结果 [代码见附录二]。所谓标准化处理，做过PCA的朋友应该很熟悉，就是将矩阵的每一列的数据进行缩放，使得每一列的平均值是0，标准差是1。

这里的就是保留多少个主成分。

在这里插入图片描述

（灰度效果图一）

如果降维前不做标准化处理，结果是这样的 [代码见附录三]。

）

（灰度效果图二）

很明显地，无论做不做标准化处理，保留的主成分越多，重建的图片越清晰。对于作标准化处理的情形，当我们保留50个主成分的时候，重建的图片已经有一个比较高的清晰度了，此时降维后数据大概是原数据大小的20% [附录一]。同时，比较上面两幅效果图，我们可以看出：降维前进行标准化处理对PCA效果有明显的提升。

PCA压缩RGB图片

当然，我们也可以直接对彩色图片进行压缩（降维）。

在这里插入图片描述

（彩色原图）

同样地，如果降维前作标准化处理，结果是这样的 [代码见附录四]。这里的依然是保留多少个主成分。

在这里插入图片描述

（彩色效果图一）

如果降维前不作标准化处理，结果是这样的 [代码见附录五]。

在这里插入图片描述

（彩色效果图二）

彩色图片压缩与灰度图片压缩类似，无论做不做标准化处理，保留的主成分越多，重建的图片越清晰。对于作标准化处理的情形，当我们保留50个主成分的时候，重建的图片已经有一个比较高的清晰度了，此时降维后数据大概是原数据大小的13% [附录一]。同时，比较上面两幅效果图，我们可以看出：降维前进行标准化处理对PCA效果有明显的提升。

PCA推导第一主成分

上面两小节中，我们了解了降维前对数据进行标准化处理是很重要的。那么，这个是不是可以在PCA的推导过程中体现出来呢？

对于一个的矩阵，可以看作是个样本，个特征（feature）。对于生物数据而言，样本数量一般都是远小于特征数量的，也就是说。自然地，我们希望降低特征的数量，将的矩阵降维到 （）的新矩阵，并且让低维空间中的数据尽量继承原始数据中的方差，这样低维空间中的点也可以尽可能分得开。这个从高维到低维的映射过程可以通过个维向量完成。这个维向量也就是我们通常所说的主成分（低维空间中新的坐标轴）。

首先我们来看看如何找第一个主成分。假设这里的矩阵已经经过标准化处理，也就是说矩阵每一列的平均值是0，标准差是1。我们的目标是找到一个维单位向量，使得原来矩阵的个维向量在这个主成分上的得分（坐标）之间的方差最大。这里不用单位向量也可以，我们的目标是找到一个新的维向量作为新坐标轴，用单位向量可以简化运算。我们知道一个向量在单位向量上的坐标是，也就是说，。

也就是说，我们要找的第一主成分就是

这里的是矩阵的一个特征向量，并且是对应于最大特征值的那个特征向量。具体说明如下：

从(1)式到(2)式用到了。这一点比较容易证明：

从(10)到(11)用到了矩阵的每一列平均值为0这个前提假设。从这里可以看出标准化处理数据（normalization）的意义。

从(5)到(6)其实是Rayleigh quotient的一个特例，它显示了对于任意单位向量，的最大值为，这个是矩阵最大的特征值；并且此时就是对应的特征向量。具体证明如下。

从基础线性代数我们可以知道，任意一个实对称矩阵，比如的，都可以分解为。对而言，矩阵是一个的正交矩阵，它的所有列构成一组单位正交基，且每一列都是矩阵的一个特征向量。矩阵是一个的对角矩阵，它的每一个对角线元素都是矩阵的一个特征值。并且，特征值和特征向量是一一对应的。

在下面的证明过程中，我们对矩阵中的特征值按照降序排列，也就是使得。当然，同时也调整矩阵中列的顺序，使得特征值仍然和特征向量一一对应。

于是，我们可以证明对于任意单位向量，方差的最大值是，且此时就是。

从(13)式到(14)式，利用了是一组基，所以一个维向量肯定可以表示为这组基的线性组合。

从(15)式到(16)式，利用了单位正交的性质，即

从(17)式到(18)式，因为我们选择了降序排序的特征值，即。

从(19)式到(20)式，利用了的性质。因为是单位向量，所以

到此，我们已经证明了当是矩阵最大特征值对应的特征向量时（此时，，），取得最大值。也就是说，当选取作为第一主成分时，新坐标之间的方差取得最大值。

当然，得到第一主成分之后，我们可以继续推导第二主成分。当假定第二主成分与第一主成分正交时，我们可以利用上面的推导过程推算出第二主成分就是（简单来说，当第二主成分与第一主成分正交时，上面的依然可以分解为，只是此时）。剩余的主成分依此类推。

这一小节我们给出了如何找到第一主成分的详细推导过程。从坐标轴的观点看，第一主成分有这样的特点，即在所有维向量中，原来的样本点在主成分所在坐标轴上的坐标之间的方差最大。不仅如此，在上面的推导中，我们还可以看到标准化处理（normalization）是如何在PCA降维过程中发挥作用的。比如，从(1)式到(2)式（或者说，从(10)到(11)）的推导就用到了矩阵已经经过标准化处理的假定。如果这个假定不成立，则会破坏推导过程，从而减弱PCA的效果，正如我们在图片压缩例子中看到的那样。

小结

在本文中，我们利用PCA降维的方法对图片进行压缩。无论是灰度图片还是彩色图片，我们都发现了PCA降维可以有效地进行压缩，数据可以压缩到原来的20%（灰度图片）和13%（彩色图片）。并且，无论是在灰度图片还是彩色图片的例子中，我们都观察到了降维前进行标准化处理（normalization）可以显著地提升PCA的效果。最后，在推导第一主成分的过程中，我们看到了标准化处理是具体怎么样在PCA中发挥作用的。

附录：相关代码和参考来源

附录一：数据压缩比率的计算

将一幅的图片降维到 () 的时候，我们需要保留两个小的矩阵，一个是主成分的矩阵，以及新的图片数据的矩阵。所以，如果不考虑占比很小的平均值向量和标准差向量，数据压缩的比率大概是。

对于灰度图片的压缩，当，，时，数据压缩的比率大概是19.53%。对于彩色图片的压缩，当，，时，数据压缩的比率大概是13.02%。

附录二：灰度图片降维前进行标准化处理的代码

from PIL import Image
import numpy as np

img_fn = "Lenna_test_image.png"
img = Image.open(img_fn)

# convert to grayscale
gray_img = img.convert('L')

# convert to numpy array
im1 = np.array(gray_img)

# normalization. For each column, mean=0, sd=1
means = np.mean(im1, axis=0).reshape(1, -1)
sds = np.std(im1, axis=0).reshape(1, -1)
im2 = (im1 - means) / sds

# compute the eigenvalues and eigenvectors of {A^T}A
S = np.matmul(im2.T, im2)
W, Q = np.linalg.eig(S)

# sort the eigenvalues and corresponding eigenvectors
# from largest to smallest
w_args = np.flip(np.argsort(W))
Q = Q[:, w_args]
W = W[w_args]

# calculate new scores (coordinates)
C = np.matmul(im2, Q)

k = 50   # CHANGE ME! number of PCs to keep

# reconstruct the image with k PCs
im3 = np.matmul(C[:, :k], Q.T[:k, :])
im3 = im3 * sds + means
im3 = im3.astype('uint8')
Image.fromarray(im3)

附录三：灰度图片降维前不进行标准化处理的代码

from PIL import Image
import numpy as np

img_fn = "Lenna_test_image.png"
img = Image.open(img_fn)

# convert to grayscale
gray_img = img.convert('L')

# convert to numpy array
im1 = np.array(gray_img)

## normalization. For each column, mean=0, sd=1
#means = np.mean(im1, axis=0).reshape(1, -1)
#sds = np.std(im1, axis=0).reshape(1, -1)
#im2 = (im1 - means) / sds
im2 = im1

# compute the eigenvalues and eigenvectors of {A^T}A
S = np.matmul(im2.T, im2)
W, Q = np.linalg.eig(S)

# sort the eigenvalues and corresponding eigenvectors
# from largest to smallest
w_args = np.flip(np.argsort(W))
Q = Q[:, w_args]
W = W[w_args]

# calculate new scores (coordinates)
C = np.matmul(im2, Q)

k = 50   # CHANGE ME! number of PCs to keep

# reconstruct the image with k PCs
im3 = np.matmul(C[:, :k], Q.T[:k, :])
#im3 = im3 * sds + means
im3 = im3.astype('uint8')
Image.fromarray(im3)

附录四：彩色图片降维前进行标准化处理的代码

from PIL import Image
import numpy as np

img_fn = "Lenna_test_image.png"
img = Image.open(img_fn)

# convert to RGB mode
rgb_img = img.convert('RGB')

# convert to numpy array
im = np.array(rgb_img) 

# simply combine the three (R,G,B) channels
im1 = np.hstack((im[:,:,0], im[:,:,1], im[:,:,2]))

# normalization. For each column, mean=0, sd=1
means = np.mean(im1, axis=0).reshape(1, -1)
sds = np.std(im1, axis=0).reshape(1, -1)
im2 = (im1 - means) / sds

# compute the eigenvalues and eigenvectors of {A^T}A
S = np.matmul(im2.T, im2)
W, Q = np.linalg.eig(S)

# sort the eigenvalues and corresponding eigenvectors
# from largest to smallest
w_args = np.flip(np.argsort(W))
Q = Q[:, w_args]
W = W[w_args]

# calculate new scores (coordinates)
C = np.matmul(im2, Q)

k = 50   # CHANGE ME! number of PCs to keep

# reconstruct the image data with k PCs
im3 = np.matmul(C[:, :k], Q.T[:k, :])
im3 = im3 * sds + means
im3 = im3.astype('uint8')

# reconstruct the three (R,G,B) channels
im3_channels = np.hsplit(im3, 3)
im4 = np.zeros_like(im)
for i in range(3):
    im4[:,:,i] = im3_channels[i]
Image.fromarray(im4)

附录五：彩色图片降维前不进行标准化处理的代码

from PIL import Image
import numpy as np

img_fn = "Lenna_test_image.png"
img = Image.open(img_fn)

# convert to RGB mode
rgb_img = img.convert('RGB')

# convert to numpy array
im = np.array(rgb_img) 

# simply combine the three (R,G,B) channels
im1 = np.hstack((im[:,:,0], im[:,:,1], im[:,:,2]))

## normalization. For each column, mean=0, sd=1
#means = np.mean(im1, axis=0).reshape(1, -1)
#sds = np.std(im1, axis=0).reshape(1, -1)
#im2 = (im1 - means) / sds
im2 = im1

# compute the eigenvalues and eigenvectors of {A^T}A
S = np.matmul(im2.T, im2)
W, Q = np.linalg.eig(S)

# sort the eigenvalues and corresponding eigenvectors
# from largest to smallest
w_args = np.flip(np.argsort(W))
Q = Q[:, w_args]
W = W[w_args]

# calculate new scores (coordinates)
C = np.matmul(im2, Q)

k = 50   # CHANGE ME! number of PCs to keep

# reconstruct the image data with k PCs
im3 = np.matmul(C[:, :k], Q.T[:k, :])
#im3 = im3 * sds + means
im3 = im3.astype('uint8')

# reconstruct the three (R,G,B) channels
im3_channels = np.hsplit(im3, 3)
im4 = np.zeros_like(im)
for i in range(3):
    im4[:,:,i] = im3_channels[i]
Image.fromarray(im4)

附录六：参考来源

Lenna图片（参考Wikipedia页面）：By Original full portrait: "Playmate of the Month". Playboy Magazine. November 1972, photographed by Dwight Hooker.This 512x512 electronic/mechanical scan of a section of the full portrait: Alexander Sawchuk and two others[1]Permission = Use of this 512x512 scan is "overlooked" and by implication permitted by Playboy.[2]Alexander Sawchuk et al scanned the image and cropped it specifically for distribution for use by image compression researchers, and hold no copyright on it.[1] - The USC-SIPI image database, Fair use, https://en.wikipedia.org/w/index.php?curid=20658476

本文完。
（公众号：生信了）