2022-06-03如何快速分析植物激素通路相关基因

很多植物转录组学文章中，都有整合激素相关基因和表达数据的pathway图，直观地展示通路及其中重要基因的位置和功能。最经典的两种形式，一是用不同颜色直观展示pathway中的上下调基因；****二是把通路简化成模式图，再用热图展示关键基因在各组织中的表达趋势。

下面小编以植物激素分析为例，手把手教您完成植物激素相关通路可视化分析。

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植物激素通路数据可视化展示-Mapman

MAPMAN工具于2004年发表在“the plant journal”杂志上，至今共引用了2000多次，是一款经典的通路分析和可视化软件，可以直观地展示各样品基因在植物激素各通路的差异。

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植物激素通路数据可视化展示-KEGG pathway

以水稻为例。第一步：对水稻所有基因进行KEGG数据库的KO注释。通过BlastKOALA与数据库进行基因注释，获得基因的KO号。

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第二步，差异表达数据在通路中可视化-着色。下载我们已经整理好的KEGG数据库中植物激素生物合成和信号转导相关通路的信息（见下方二维码），利用KO号鉴定植物激素通路中的差异基因，使用“user data mapping”在通路中可视化-着色。

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差异表达数据在通路中可视化-热图heatmap

提取差异基因中植物激素通路相关基因的表达量信息（如FPKM），利用R语言绘制基因的表达量层次聚类热图，或者也可以用在线绘制热图工具(http://www2.heatmapper.ca/expression)。

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绘制定制化通路图

根据KEGG数据中注释信息并结合文献整理植物激素信号转导和合成通路，并利用在线绘图工具（https://www.draw.io/）绘制通路图；也可参考课程中已经整理好的示例结果直接绘图。

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