R语言：以第一行为列名、第一列为行名读取数据框画热图

导读

前面pheatmap画图用的都是matrix数据，没出现问题。read.table直接读取的数据框不能用pheatmap画图，但是加上一个参数就可以了。

一、数据框读取

关键参数：
header=T # 第一行为列名/表头/变量名
row.names=1 # 第一列为行名

data=read.table("bin_abundance_table.tab", header=T, row.names=1, sep="\t")
# 读取数据表

head(data)  # 查看文件

              H2        H3        H1         H4        H5
    bin.89  2.134105  0.893291  0.000000  0.0282420  0.000000
    bin.20 41.204144 19.519443 23.791852 36.7137490 37.634001
    bin.4   0.169901  0.218777  0.120826  0.9935795  0.513861
    bin.25  0.000000  0.027746  2.670033  0.0088310  0.000000
    bin.22  2.421549  7.251491 12.911376  0.7759660  0.826068
    bin.6   0.364747  0.120078  3.016430  0.6070210  0.401539

二、pheatmap画图

library(pheatmap)
pdf("bin_abundance.pdf")
pheatmap(data)
dev.off()

打开结果bin_abundance.pdf文件，如下：

图片.png

纵轴有点挤，可在pdf(height=xx)中设置高度调整。