在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。
基因结构绘制
1.Exon-Intron Graphic Maker 工具链接：http://www.wormweb.org/exonintron
RNA二级结构
2.Mfold
工具链接：http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold
3.RNAfold
工具链接：http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
蛋白互作网络
4.String
工具链接：https://string-db.org/
基因共表达网络
5.Coexpedia:
工具链接：http：//www.coexpedia.org/
序列Motif
6.MEME
工具链接：http://meme-suite.org/
7.Weblogo
工具链接：http://weblogo.threeplusone.com/
基因信息查找
8.Genecard
工具链接：http://www.genecards.org
序列展示
9.ESPript:
工具链接：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
Gene ID转化
10.BioMart
工具链接：http://www.ensembl.org/index.html
11.g:profiler
工具链接：https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert
12.UniPort Retrieve/ID mapping
工具链接：https://www.uniprot.org/uploadlists/
13.bioDBnet
工具链接：https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/
韦恩图
14.Venny2.0
工具链接：http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
15.OmicShare 韦恩图工具
工具链接：http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn
三元图
16.Ternary plot maker
工具链接：https://www.ternaryplot.com/
基因结构分析
17.FGENES
工具链接：http://softberry.com/
范例结果：
系统发育分析
18.iTOL
工具链接：https://itol.embl.de/
19.Evolview
工具链接：http://www.evolgenius.info/evolview/
启动子预测
20.Promoter Scan
工具链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
蛋白一级结构预测
21.PredictProte
工具链接：https://www.predictprotein.org/home
22.ProtParam tool
工具链接：http://web.expasy.org/protparam/
信号肽预测
23.SignalP 工具链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
跨膜结构域
24.TMHMM Server v. 2.0
工具链接：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
亚细胞定位
25.PSORT 工具链接：https://www.psort.org/
蛋白三级结构预测
26.SWISS-MODEL
工具链接：https://swissmodel.expasy.org/
27.Phyre2
工具链接：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
短序列拼接
28.Cap3 工具链接：http://doua.prabi.fr/software/cap3
GO富集分析
29.OmicShare GO富集分析工具
工具链接：http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html
KEGG富集分析
30.OmicShare KEGG富集分析工具
工具链接：http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html
趋势分析
31.OmicShare 趋势分析工具
工具链接：http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend
蛋白结构域预测
32.Pfam
工具链接：http://pfam.xfam.org/search
33.SMART
工具链接：http://smart.embl-heidelberg.de/
基因组杂合性评估
34.GenomeScope
工具链接：http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2
圈图
35.CIRCOS
工具链接：http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
36.热图 Omicshare 热图工具
工具链接：http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap
注释工具
37.Omicshare 注释工具
工具链接：https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/getsoft/type/annotation
细胞标记
38.CellMarker
工具链接：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jspcircRNA数据库
circRNA
39. circBase
工具链接：http://www.circbase.org/
40. CIRCpedia
工具链接：http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/
small RNA
41. deepBase
工具链接：http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/
42. sRNAanno
工具链接：www.plantsRNAs.org
lncRNA
43. TANRIC
工具链接：http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview
44. NONCODE
工具链接：http://www.noncode.org/
ceRNA
45. starBase
工具链接：http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/
46. miRSponge
工具链接：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/
序列翻译
47. ExPASy Translate tool
工具链接：https://web.expasy.org/translate/
48. ORFfinder
工具链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
转载自基迪奥生物