空间转录组分析-工具箱

空间转录组注释

通过marker进行spot注释

1、手动
2、使用工具-SingleR
空间转录组第九讲：利用SingleR进行细胞类型注释

if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("SingleR")

空间转录组-单细胞转录组联合分析

Giotto

STdeconvolve

visualize deconvolved cell-type proportions

空间转录组轨迹推断

stLearn(https://www.jianshu.com/p/17c3ef3dd312)
stLearn官网(https://stlearn.readthedocs.io/en/latest/index.html)