徐添添
徐添添

2022-01-21 课题设计和思路分享

课题设计



思路1：单细胞数据作为起点，找出特征，去bulk数据库验证





思路2：bulk为起点，单细胞为终点




思路1和2对比

挖掘思路1


第一种思路可以用subset(对象，culster==3) #假设3是上皮细胞群，用subset函数提取上皮细胞群，然后用rownames()提取上皮细胞名字，然后用data[]取出上皮细胞的基因表达

挖掘思路2


注意点：免疫细胞cluster分布出来时，可以调高resolution，聚出更多cluster，把明确不是免疫细胞的cluster删掉，再聚类
同一癌种：癌、癌旁、转移灶不同细胞类型的比例、特征差异

挖掘思路3


不同物种
不同癌种
同一癌种治疗前后

挖掘思路拓展


探究不同生信工具的优劣势，工作量大
Timer计算准确性高，但是只能计算6种细胞类型
xCell和MCPcounter的计算准确性比较差
cibersort计算相对丰度出来的结果和单细胞数据结果比较一致
xCell可以算各种类型的细胞
总结：计算少量免疫细胞丰度用timer，多量用cibersort

挖掘思路4

挖掘思路5

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