由于临近博士毕业，没有再进行更多的生信技能的学习，主要精力都是放在文章发表，毕业论文写作方面。今天的推文继续和大家分享一篇非常好的文章“What makes a plant science manuscript successful for publication?”
虽然文章题目说的是如何发表植物科学类的文章，但是其中讲到的一些准则要素，我觉得是可以应用到所有的科研领域的。接下来和大家一一进行解读和总结。
文章被拒的五大因素
通过对22种农业和植物生物学的国际科学期刊进行的调查，结合这些期刊的主编提供的有关稿件接受或拒绝的关键特征。该文章按照先后重要顺序总结出五大文章被拒的因素：
- 缺乏足够的创新性。如果你一篇文章只是重复或者和其他人的研究很相似，没有足够创新性，你的文章基本是会被拒的。
- 方法数据上的缺陷。如果你文章研究的方法和数据有明显的不足，你的文章也很大概率会被拒。
- 数据分析不足。你的分析不足，无法支撑你所提出的结论。
- 批判性科学思维能力差。其中一个典型的例子就是没有将你的文章和过去的相关研究进行对比，对文章的结果进行科学批判性地解析。
那么，制作好论文需要什么呢？应该在哪个阶段开始写作？如何以最有效的方式做到这一点？
写稿前准备工作
开始撰写稿件时，首先要决定目标的刊。所选期刊应该是在要研究领域内对应的期刊。查看助理编辑者列表也会很有用，因为其中之一将在提交论文时处理你的文章。另外，你也可以列出10位你领域内大牛的研究者的名单，这些研究者可能会阅读（并引用！）你的论文，你可以查看他们经常发表哪些期刊，进行选择目标期刊。
科研文章发表的成功要素
创新性和重要性
创新性和重要性以说是确保你文章被接受的最重要条件。毫无疑问，单靠这两个因素本身可能还不够，但是如果你文章不能满足这两个条件（具体针对每个期刊的标准），你的文章十有九会被拒。
期刊编辑，审稿人和读者，整个科研领域都在寻找新的东西。这可以是一种新的基因，一种新的代谢产物，一种新的功能，一种新的解决方案。在文章中，通常在引言末尾的摘要的段落中，都应明确强调创新性和重要性。投稿时写的cover letter也需要将创新性和重要性，清晰地传达给处理的编辑。无法做到上面的几点，通常会导致文章立即被拒绝。提交信的重要性可以通过一位科研工作者的评论来说明：“当我递交我的文章去nature时，我通常会花费与论文本身一样多的时间来撰写cover letter。”
批判性科学思维
在科研项目的三个阶段都需要批判性科学思维。首先，在理清项目的重要性和开展工作的必要性时。其次，在确定实验类型以及进行项目所需的方法和材料时。第三，以客观和批判的态度分析结果时。许多项目建立了明确的假设并计划对其进行检验。对应这个问题的答案可以是“肯定的”，“否定的”或“不清楚”。文章的内容可以可以发表关于“肯定的”结果，并且“否定的”结果也同等重要，但是在大多数情况下，不能单独发表。一些探索性项目没有明确的假设，例如那些寻找给定植物物种的遗传多样性或与环境变量相关的DNA序列的科学项目。
研究数据的充分性
根据经验，实验数据的数量应足以证明以明确方式得出的所有结论。为了符合出版标准，某些期刊可能对生物学重复的次数（例如，在“组学”研究中）或年份（例如，在实地农艺研究中）有更具体和明确的要求。期刊之间出版所需的数据量可能会大不相同，但通常遵循递减收益的规则。也就是说，对于植物科学领域的期刊，将影响因子为3的期刊改为影响因子为5的期刊可能需要进行一两个额外的实验，这可能需要几个月的时间。但是，对于顶级期刊，所需的数据可能需要花费更多的时间进行实验，并且可能需要大型和跨学科的团队参与，并且可能需要将多种不同方法结合在一起进行单个研究。
解释的准确性
许多论文因为投机性太高而被拒绝。经验不足的研究者往往会夸大其词或解释结果，而无法提供额外的实验证据。批判性科学思维的本质不仅限于对数据的分析或解释，还应扩展到对先前发表的数据进行批判性评估。许多作者倾向在没有仔细查看和检查原始数据集的情况下，直接引用其他论文中的结论或陈述。还有些研究者，根本就没有回归到文章的原文，而是根据其他人的引用的引用将其引用。这导致一长串引用，并可能会给出不正确的信息或者结论。
准确清晰地写作风格
研究者应该从读者的角度考虑他们的文章。重点关注两个问题：“我的读者需要知道什么？” 和“我的文章如何有最大的影响力？”。
通常来说图像通常比文字具有更大的影响力，而简单的图形通常比表格传达更好的定量信息。另外图形也更容易被读者记住。读者可能不会阅读全文，因此，每个图的图例描述都应完整。每个图例中应说明符号并描述关键的步骤处理方式。科学论文的最佳写作风格是“准确，清晰，简短”。这种语言通常称为“普通英语”，它使用尽可能少的单词来解释所需的主题。科学写作的英语应该是直接的，而不是浮夸华而不实的。
注意细节
如果不经过适当的文章检阅，你会看到很多写作上的错误，例如缩进不正确，单词拼写错误，大写不正确（特别是在参考文献列表中），斜体或上标或下标缺失以及术语不一致等问题都是很常见的。
尽管这些语法错误，相对文章的重要性创新性，可能被认为是相对次要的，但是它们传达了有关研究者与其工作态度的明确信息。看到语法错误，书写小错误连天的文章会令编辑感到沮丧。这会向编辑或审稿人发出非常明确的信号，这个研究者的科研工作态度，严谨性非常马虎非常差。因此，尽管这个文章报告了了一些潜在的有趣数据和结果，但是可能还是会落到一个被拒的结局。
统计分析
随着研究结构和数据的复杂性的增加，实验设计，统计分析和实验结果的可重复性至关都变得越来越重要。专业统计学家或数据分析师,是现在许多研究项目不可或缺的组成部分。文章中使用统计分析的手段，对你的数据进行解析，也是现在文章成功发表的关键之一。
文章写作流程
文章再最后提出了一个名为“随行随写”（WAYG）的写作流程。
该图突出了计划，实验和写作阶段之间的理想关系。规划是第一阶段，主要与审查已发表的文献和起草“简介”有关。材料和方法部分的写作应在实验的早期阶段开始，最好是在第一个实验之后。然后就是阐明结果和讨论阶段，这是最后一步研究的周期并最终完成文章写作和相关分析工作。
实验，分析，讨论和报告的重复循环写作可以增强对研究的批判性分析。在实验开始之前，可以要求同事对研究计划发表评论。最后，文章的最终草稿总是受益于同事的反馈或评论。在正式提交之前进行私下的同行审查是提高写作质量最有效的方法，这一步可能会指出文本或图中的不够清晰的地方，进而对这些地方进行更多的解释和修改。