2021-03-19佛手瓜组学研究

摘要

佛手瓜(Sechium edule)是西葫芦科的一种农作物，含有丰富的生物活性成分。为了加强对它的遗传研究，我们使用纳米孔第三代测序结合Hi-C数据组装了一个chayote基因组草图。一个固定在14条染色体上的染色体级装配(N50 contig和 scaffold大小分别为8.40和46.56 Mb)估计基因组大小为606.42 Mb，这对于葫芦科来说已经很大了，其中包含重复序列的基因组占65.94% (401.08 Mb);预测蛋白编码基因28237个。比较基因组分析显示，在25±4 Mya时，佛手瓜和丝瓜发生了一个全基因组重复(WGD)事件。转录和代谢分析揭示了涉及果实结构、色素、风味、黄酮类化合物、抗氧化剂和植物激素发育的基因。通过基因组、转录组和代谢组的分析，为进一步研究佛手瓜的果实和块茎发育及遗传改良奠定了基础。

方法

采集新鲜幼嫩叶进行基因组测序,用二代测序IIIumina sequencing用于基因组大小评估、基因组组装、GC含量统计、杂合度统计和组装后评估。

一代测序：sanger法，Maxam-Gilbert化学讲解法
二代测序：Roche 454焦磷酸测序，Illumina Solexa合成测序，ABI SOLiD连接法测序
三代测序：纳米孔测序，单分子荧光测序